Во время Гражданской войны был активным участником противодействия большевикам. Стал командиром отряда. Лично принимал участие в боях.
6 июня 1918 года в селе Евгащино Багинский с помощью псаломщика П. К. Капустянского организовал «дружину самообороны», которая стала оперировать в районе: Юзовка, Путиновка, Карбыза, Атирка, в Логиновской, Корсинской, Такмыкской, Больше-Реченской волостях Тарского уезда, а также Кыштовской волости Каинского уезда Томской губернии.
В 1918 году вместе с полковником Рубцовым организовал срыв мобилизации в Красную Армию в Тарском уезде.
За свою самоотверженную борьбу с большевиками был награждён Церковью по представлению адмирала А. В. Колчака наперсным крестом. В ответ Багинский послал Верховному правителю благодарственную телеграмму и перевёл адмиралу 200000 рублей из кассы тарского «Союз-Банка», которым он уже к этому времени управлял.
В сентябре 1919 года отряд Багинского в селе Нижне-Колосовком Корсинской волости арестовал за неявку по мобилизации в Белую Армию 37 крестьян.
До прихода Красной Армии в Тарский уезд, в октябре 1919 года, уехал в город Минусинск Минусинского уезда Енисейской губернии.
Последние годы жизниС 1919 года жил в городе Минусинске. Занялся мирной жизнью. Был священником в местной церкви, а также заведовал свечным заводом и совхозом.</p>
В 1927 году случайно был опознан ОГПУ и арестован. Был обвинён в преступлениях против советской власти и убийстве мирных жителей. По неустановленным данным отрядом Багинского было расстреляно 63 человека и арестовано 32. По недоказанным показаниям свидетелей число лично убитых Багинским превышало якобы 600 человек. На суде свою вину не признал. По решению постоянной судебно-кассационной сессии Сибирского краевого суда был приговорён к высшей мере наказания. Расстрелян в 1927 году в городе Минусинске.