bo_ba's Journal

ГЕНОМНЫЕ ПЕРТУРБАЦИИ
БО. В последнем Nature пишут, что в Affymetrix (в получасе от Санта Круза) положили весь геном человека на микрочип. Облив его раствором из РНК (это те молекулы, которые непосредственно кодируют белки, сколько генов - столько и РНКов), а затем хорошенько прополоскав свой микрочип, аффиз обнаружили, что к геному прилипло на 50 процентов больше молекул РНК, чем в настоящий момент известно генов.
БA. А сколько генов сейчас известно?
БО. От 20 до 25 тысяч.
БA. Ну и что, что прилипло больше, чем было известно?
БО. В начале геномной лихорадки (~1998) считалось, что существует порядка 100,000 генов. Число это, по мере заполнения пустот в геноме, все время падало, и наконец достигло ~20 тысяч. Это падение оказало катастрофическое влияние на всю геномную, биохимическую, фармацевтическую промышленность.
БA. Каким образом?
БО. Представь себе тысячи золотоискателей, которым сказали, что золота на самом деле в 5 раз меньше, а большая часть того, что есть, уже была вытащена до них.
БA. Наверное пострадало много бабушек, закопавших свои денюжки?

БО. Да, этот крах назвали геномным пузырем.
БA. А что это там за черный треугольник на графике, возле пика?
БО. А это момент когда большинство "биологов" пересели на мерседесы. Ну а теперь все эти золотоискатели собирают свои монатки и понуро идут толкать тележки у супермаркетов. Замечательный примером является Celera, которая соревновалась с государственным международным консорциумом в определении генома и ускорила в два раза его получениe. Celera только что сдалась и официально вышла из этого бизнеса и теперь отдает свои данные нашару. Но они теперь не очень-то нужны кому-нибудь. Кому нужны отработанные шурфы?
БA. Ну и что же аффиметрикс?
БО. А они говорят, ребята, прогноз насчет 20 тысяч генов не оправдался - их возможно еще 10 тысяч там есть.
БA. Упс!
БО. Да, все назад - на прииски. Но я подозреваю, что аффиз, которые собаку съели на геноискательстве, уже застолбили там все, или эта информация не так важна как кажется. Например, РНКи пристали к некодирующим кускам генома (т.е. не генам), потому что те задействованы в регуляторных (a не белково-кодирующих) операциях.
БА. Пойду-ка я проверю свои денюжки в Стране Дураков, может че выросло уже? (Идет, проверяет, шаркая, возвращается назад)

БO. Да вряд ли что-то вырастет от такой новости - времена уж не те. А вот что действительно может положительно повлиять на малый геномный и биотехнологический секторы, это поглощение их большой фармой. Твой crgn, например, вроде бы приближается к состоянию готовности быть купленным Хофманн ЛяРош. Президентом у них стал бывший президент ЛяРоша, и последний купил все права на распространение их технологии определения человеческого генома за 1000 долларов. Я тебе советую посмотреть на эти акции через пару месяцев.
БА. Знаю я этот человеческий геном за 1000 долларов. У них длина одного "рида" - 25 нуклеотидов, ты представляшь какой мощи должен быть ассемблер, чтоб собрать 3 гигабайтный геном, а добавь сюда повторы - и привет.
БO. Зато они тебе показали хорошую проблему "сборочного взрыва"!
БА. Да, это тот чувак показал, у которого черный пояс по шотокану.