Ну тут как раз вопросов меньше всего. Просто договор составляется так, что клиент нанимает МСВ как подрядчика для изготовления сайта, и предоставляет средства производства: сервер и установленное ПО (LAMP + Drupal), а с "некоммерческим использованием" клиент пусть сам разбирается. МСВ берёт бабло за то, что заставляет на этом всём работать клиентский сайт.
Другое дело, что на глагне у клиентского сайта должна появиться надпись "powered by Drupal", и для МСВ и для клиента - это как серпом по яйцам. Для первых это как расписаться в собственно трешовости, а для вторых - "реклама стороннего ресурса", на которую ни один жлоб не пойдёт.