Кроме вопросов окололицензионных (из комментариев: законность вообще, обязательность упоминания и т.п.; я лично их не считаю решающими, так как при не самой большой наглости и умениях можно упоминание какого-нибудь друпала заменить на упоминание себя), замечу ещё несколько вариантов в произвольном порядке.
Я не сайтописец, я программки пишу, где-то домысливаю со своей позиции.

1. Привязать по возможности пользователя к себе (скорее всего специалист, готовый разобраться с внесением необходимых изменений в самописную систему будет стоить дороже, чем тот, кто сделал сайт своего класса 10к школы 349 на одной из широко известных систем).

2. Миллион плагинов наверняка нереально поддерживать при смене версии системы. Менять версию иногда хочется, чтобы что-то новое поддерживать или ошибки исправлять. С какого-то количества своих заплаток или плагинов поддерживать их становится нереально. Собственная система может быть менее проблематичной, так как исправление ошибок или добавление возможностей будет предупредительнее учитывать свой код.

3. Для достаточно требовательных клиентов или собственных суровых принципов может быть слишком много претензий к чужой системе, которые её разработчикам кажутся неважными или вообще "not a bug". С этим я сталкиваюсь постоянно. Это приводит к миллиону заплаток-плагинов и пункту два.

4. Когда в какой-угодно-язычной документации предлагается делать через жопу то, что нужно, её освоение или не освоение не имеет значения. Я не знаю, как с документацией у перечисленных систем, но с противоречивой и неполной (причём поначалу создающей впечатление полной, а потом половина текста оказывается автоматически вставленными шаблонами "Здесь должно быть описание функции XXX") документацией имею дело постоянно.

5. Если есть сотрудники, работающие за зарплату, то когда нет работы, можно "размять" их написанием системы, особенно если они "программисты на PHP", а не "пользователи друпала". Если она делает то, что надо (а легко менять стили, например, не надо), то это доказывает наличие квалификации.

6. Причины могут быть историческими: может, и перешли бы сейчас, но когда начинали, доступные системы были ещё недостаточно хороши. А сейчас переходить — себе дороже.

7. Если собственную систему пишут не на продажу, то функциональность должна быть не "более сильной" по каким-то общим показателям, а достаточной для заказов, которые поступают конторе, "описанность" же имеет значение только если куча народу и текучесть кадров. Друпал, например, хвалится гибкостью, но если она не нужна, то скорее всего будет мешаться.