Не будут, в том-то всё и дело. Альтернативные операционки имеют архитектуру, сильно не способствующую распространению вирусов. Для примера смотрим на мак. У неё сейчас около 10% американского (самого вкусного) рынка. А вирусов для неё практически нету. Довод, что 10% это слишком мало, не состоятелен. Потому что опровергается историей. Во времена до выхода Mac OS X и когда доля маков была сопоставима с нынешней, вирусов для маков было в ассортименте, количество вирусов для мака примерно соответствовало их рыночной доле. Тогда для их распространения на той операционке были такие же комфортные условия, как и для вирусов под ДОС и винду. Система позволяла.

Нынешнему раздолью вирусни под виндой способствуют два фактора. Главный, то что абсолютное большинство пользователей имеет в системе административные полномочия. Второй - способ определения программа данный файл, или нет. В винде это определяется тем, кто создал файл, достаточно дать ему нужное название. В других операционках на название плевать, признак "программа" (позволяющий запускать на её исполнение) внутрисистемный, назначаемый. Одного этого хватает, чтобы сделать неработоспособными 99% современных вирусов. Конечно, остаются возможности воспользоваться уязвимостями в обслуживающем программном обеспечении, но это, во первых и главных, уже другой уровень квалификации, требуемой от вирусописателя (привет кулхацкерам, которые нынче клепают вирусы из готовых наборв, но при этом неспособны написать ни одной строчки на ассемблере), во вторых, резко сужает ареал вируса до тех машин, на которых стоит обслуживающее ПО строго нужной версии.