Как было отмечено в Докладе Государственного департамента США за 2009 г. по вопросам соблюдения прав человека в России, Сергей Магнитский был подвергнут пыткам с целью заставить его изменить свои показания и лжесвидетельствовать против самого себя и своего клиента. Его подробные письма из следственного изолятора свидетельствуют о нечеловеческих условиях, в которых он содержался в течение почти целого года, причем его дело так и не было заслушано судом по существу. За время содержания в следственном изоляторе у него развились желчнокаменная болезнь и панкреатит, но несмотря на это ему отказывали в предоставлении какой-либо медицинской помощи, поскольку он не изменил свои свидетельские показания. Ночью 16 ноября 2009 г. он умер, так и не дожив до суда.