Я такое тоже видел, но объяснить не могу -- это обыкновенная ДОС-овская программа, и ничего хитрого она не делает, просто читает стандартный ввод.
На той машине просто запустили ее же из-под другого аккаунта, где русская клавиатура была выставлена по умолчанию, и все пошло.
Как бороться грамотно, не знаю.

(Reply to this) (Parent)