Во-первых они таки эволюционируют и приспосабливаются. Просто новые штаммы возникают, которым приспосабливаться заново. Или расширяют свой ареал обитания - та же сонная болезнь своих родных носителей вроде не убивает, а человека и домашних животных - вполне.
Во-вторых эволюция никогда не идет по одному признаку - меряется приспособленность в целом. То есть если бактерия сводит в могилу носителя в обозримое время, но при этом сильнозаразна - она в некоторых ситуациях (высокая плотность "объектов") получит тактическое преимущество над малозаразной "мирной" бактерией. Потом, может и вымрет - но это потом, эволюция стратегически не работает.