Если что-то надо закодировать, кодирую в OGG.
ffmpeg -i input.avi -vcodec libtheora -b 1000k -acodec libvorbis -aq 6 -f ogg -y output.ogg
-i input.avi - исходный файл
-vcodec libtheora - видеокодек (Теора, не втроенная, а сторонняя)
-acodec libvorbis - аудиокодек (Ворбис, не встроенный, а сторонний)
-b 1000k - битрейт видео (можно заменить на -sameq - "как оригинал")
-aq 6 - качество звука (http://www.vorbis.com/faq/#quality
-f ogg - формат контейнера (бывают ещё mkv, flv)
Вроде, распознаётся по расширению, но на фсякий случай ;-)
-y - перезаписать, если существует, выходной файл output.ogg
(иначе ffmpeg переспросит)
Встроенные кодеки - без приставки lib (theora, vorbis).
Теоры встроенной ещё нет, Ворбис - есть (ffmpeg-2010-02-28),
но встроенный Ворбис умеет только двухканальный звук
и монофонические дорожки не переваривает.
Для встроенного кодека Ворбис надо указывать
не качество (-aq), а тоже битрейт (-ab)
Чтобы выдрать и записать только звук,
надо заменить -vcodec libtheora -b 1000k на -vn.
Чтобы выдрать и записать только изображение,
надо заменить -acodec libvorbis -aq 6 на -an