From December 1939, Helmut Gröttrup worked in the German V-2 rocket program at the Peenemünde Army Research Center with Walter Dornberger and Wernher von Braun. In December 1940, he was made department head under Ernst Steinhoff for developing remote guidance and control systems.
Since October 1943 Gröttrup had been under SD surveillance. A report stated that he, his wife Irmgard, Wernher von Braun, and his colleague Klaus Riedel were said to have expressed regret at an engineer's house one evening that they were not working on a spaceship and that they felt the war was not going well; this was considered a "defeatist" attitude. A young female dentist who was an SS spy reported their comments. Combined with Himmler's false charges that they were communist sympathizers and had attempted to sabotage the V-2 program, the Gestapo detained them on March 21, 1944, and took them to a Gestapo cell in Stettin (now Szczecin, Poland), where they were held for two weeks without knowing the charges against them. Walter Dornberger and major Hans Georg Klamroth, representative of counterintelligence at Peenemünde, obtained their conditional release so that the V-2 program could continue.
...
Then during the night on 22 October 1946, a selected group of more than 170 German scientists and engineers - plus equipment - from the Zentralwerke were unexpectedly and forcibly (at gunpoint) moved to the USSR by 92 trains as part of Operation Osoaviakhim with more than two thousand German specialists. From 1946–1950, Gröttrup was in charge of the more than 170 German specialists brought to Branch 1 of NII-88 on Gorodomlya Island in Lake Seliger. The German team was indirectly overseen by Sergei Korolev, the "chief designer" of the Soviet rocketry program.
From 9 September 1945 to 22 October 1946, Gröttrup worked under the supervision of Sergei Korolev and Boris Chertok who reported to the Soviet military government of Dmitry Ustinov, the later Minister of Defense.

С декабря 1939 года Гельмут Греттруп вместе с Вальтером Дорнбергером и Вернером фон Брауном работал в немецкой ракетной программе V–2 в армейском научно–исследовательском центре Пенемюнде. В декабре 1940 года он был назначен начальником отдела под руководством Эрнста Штайнхоффа по разработке систем дистанционного наведения и управления.
С октября 1943 года Греттруп находится под наблюдением SD. В сообщении говорилось, что он, его жена Ирмгард, Вернер фон Браун и его коллега Клаус Ридель однажды вечером в доме инженера выразили сожаление по поводу того, что они не работали на космическом корабле, и что они чувствовали, что война идет не очень хорошо; это считалось "пораженческим" отношением. Молодая женщина–стоматолог, которая была шпионкой СС, сообщила о своих комментариях. В сочетании с ложными обвинениями Гиммлера в том, что они симпатизировали коммунистам и пытались саботировать программу "Фау–2", гестапо задержало их 21 марта 1944 года и отвезло в камеру гестапо в Штеттине (ныне Щецин, Польша), где их держали в течение двух недель, не зная о выдвинутых против них обвинениях. Вальтер Дорнбергер и майор Ханс Георг Кламрот, представитель контрразведки в Пенемюнде, получили для него условное освобождение, чтобы программа Фау–2 могла продолжиться.
...
Тогда в ночь на 22 октября 1946 года избранная группа из более чем 170 немецких ученых и инженеров — плюс оборудование — из Центрального вокзала неожиданно и насильно (под дулом пистолета) переехала в СССР на 92 поездах в рамках операции "Осоавиахим" с более чем двумя тысячами немецких специалистов. В 1946–1950 годах Греттруп руководил более чем 170 немецкими специалистами, привезенными в 1–й филиал НИИ–88 на о. Городомля на Селигерском озере. Немецкую команду косвенно курировал "главный конструктор" советской ракетной программы Сергей Королев.
С 9 сентября 1945 года по 22 октября 1946 года Грёттруп работал под руководством Сергея Королева и Бориса Чертока, которые подчинялись советскому военному правительству Дмитрия Устинова, впоследствии министра обороны.