В мае 1828 года вокруг города было установлено карантинное оцепление. Всё движение из города и в город происходило через специально устроенные заставы. Летом 1829 года карантин был ужесточён, каждый проезжающий должен был содержаться 2-3 недели в карантинной зоне, все подозрительные больные в городе подлежали изоляции. В результате этого местные крестьяне старались воздерживаться от поездок в город. Продовольственное снабжение оказалось монополизированным карантинными чиновниками, что способствовало большому количеству злоупотреблений. В городе быстро возник дефицит продовольствия. Продовольствие, поставляемое гарнизону, жителям, больным в изоляторах, было недостаточным и плохого качества, что способствовало развитию болезней и росту смертности. Наиболее страдали от карантина беднейшие районы города, в которых сильно ухудшилась гигиеническая обстановка и возросло количество больных.
Ситуация в Севастополе обострилась настолько, что из Петербурга была прислана комиссия во главе с флигель-адъютантом Н. П. Римским-Корсаковым для расследования ситуации. Расследование обнаружило массовые злоупотребления, однако из Петербурга поступило распоряжение прекратить всякие расследования деятельности интендантов. В ноябре 1829 года комиссия завершила работу.
Доведённые до отчаяния жители готовились к вооружённому отпору, были сформированы вооружённые группы под руководством отставных военных. Солдаты оцепления и многие офицеры сочувствовали жителям. Обе стороны воздерживались от начала боевых действий, которые могли взорвать ситуацию в городе и на флоте.
15 июня военный губернатор Столыпин, учитывая чрезвычайную ситуацию в городе, усилил караулы на улицах и охрану губернаторского дома. Эти меры возмутили севастопольцев, которые толпами двинулись к дому губернатора и адмиралтейству. Губернатор был убит толпой. К восставшим присоединились матросы. Часть восставших пошла на снятие карантинного оцепления на Корабельной слободе, солдаты атакованные с двух сторон присоединились к восставшим.
К 22 часам город был в руках восставших, полиция бежала из города, а гарнизон отказался подавлять бунт. Толпа избивала «чумных» чиновников и офицеров, требуя от них расписки, что чумы в городе нет, громила их дома и квартиры.