Историки обвиняют самого Вятровича и сотрудников его Центра исследований освободительного движения в том, что с целью обеления ОУН и УПА они фальсифицируют исторические документы, а также ограничивают доступ к материалам, которые могут представить деятельность украинских националистических организаций в невыгодном свете.
6 мая 2016 года авторитетный американский журнал Foreign Policy опубликовал статью с обвинением В. Вятровича в удалении из государственных архивов материалов о еврейских погромах и убийствах для обеления ОУН-УПА. По мнению автора статьи Джоша Коэна, на западе беспокоятся о неприкосновенности украинских архивов при Вятровиче, и среди историков на Западе у Вятровича дурная слава. Историки считают, что он фальсифицирует исторические документы.
Адъюнкт-профессор российской и советской истории Северо-Восточного университета Джеффри Бёрдс отметил, что учёные, входящие в коллектив Вятровича, «публикуют подборки сфальсифицированных документов», о чём Бёрдс знает, поскольку «видел оригиналы, делал копии, а затем сравнивал их записи с оригиналами». В качестве примера он приводит сборник расшифрованных документов объёмом в 898 страниц, составленный коллегой Вятровича, на который последний ссылается в качестве доказательства своего заявления о том, что предоставит исследователям для изучения любые материалы, хранящиеся в украинских архивах, в то время как Бёрдс считает это издание «памятником чистке и словесным фальсификациям, в которой из документов удалены целые предложения и даже абзацы», представляющие собой «любые материалы с критикой украинского национализма, с выражением недовольства и проявлениями разногласий в рядах руководства ОУН-УПА, разделы, где респонденты сотрудничали с властями и давали показания против других националистов, записи о кровавых злодеяниях». В свою очередь американо-канадский историк Марко Царинник, продолжительное время занимающийся изучением украинской истории XX века, указал, что ему «было трудно работать в архиве Службы безопасности Украины, когда им руководил Вятрович», а также отметил, что располагает доказательствами того, «что Вятрович фальсифицировал исторические записи в своих публикациях, а затем искал различные поводы, чтобы не дать мне увидеть изобличающие его материалы». Польский историк доктор А. Запаловский называет Вятровича «лицом, однозначно дисквалифицированным в мировом научном сообществе как исторический лжец и манипулятор».
Научный сотрудник в Институте Кеннана и Мемориального музея Холокоста в США Джаред Макбрайд подтверждает мнение Марко Царинника:
"Когда Вятрович был главным архивариусом в СБУ, он создал цифровой архив, открытый как для украинских граждан, так и для иностранцев. Несмотря на эти положительные в целом действия, он со своей командой исключил из этого архива все документы, которые в негативном свете представляют ОУН-УПА, в том числе, что касается их причастности к Холокосту и прочим военным преступлениям".

Однако без внимания осталась прямая причастность Вятровича, как главы архивного отдела, к циничным фальсификациям фотографий, использовавшихся в выставках голодомора. Как оказалось, в качестве фотоматериалов о голоде 1933 года были использованы фотографии голода в Поволжье 1921 года и бедствующих американцев времен Великой Депрессии. Когда подлог стал очевидным, Наливайченко пришлось его признать, а вот Вятрович остался как бы не при чем.
За свой труд по перекраиванию истории Украины, 25 декабря 2009 года Вятрович получил из рук Ющенко крест Ивана Мазепы, что некоторые украинцы нашли весьма символичным. Но уже через два месяца в стране сменился президент, после чего Наливайченко и Вятрович были тут же уволены из СБУ.  И если его бывший шеф подался в оппозицию, то сам Вятрович укатил в США, где и прожил почти до самого второго Майдана.
Вначале Вятрович проходил стажировку в Украинском научном институте при Гарвардском университете. Заодно он писал там свою очередную книгу «Вторая польско-украинская война 1942-1947», вызвавшую негативную критику со стороны многих историков. С 2012 года Вятрович работал в архивах Института Гувера – аналитическом центре публичной политики при Стэндфордском университете. Источники финансирования его «американской командировки» остались нераскрытыми.