Молекулярная систематика побеждает традиционную не столько из-за "объективности", сколько в силу бОльшего количества доступных признаков. У бактерий морфология настолько бедна, что по ней филогению построить нереально. У протистов тоже ультраструктура бедновата, но у них хотя бы пытаются называть крупные группировки по их морфологическим признакам (Alveolata, Opistokonta и т.д.) В систематике беспов за молекулярные методы первыми ухватились нематодчики, опять же потому что видов нематод много, а признаков у них в микроскоп видно мало.

И насчет "представляет собой символ веры" - про горизонтальный перенос и сетчатую эволюцию споров идет сейчас предостаточно, так что Заварзин тут не совсем прав.

Думаю, Вы правы - по поводу признаков. У перечисленных Вами групп - я по ним не специалист, но издали слышал - действительно, с морфологией беда.