Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет ivanov_petrov ([info]ivanov_petrov)
@ 2008-07-15 18:01:00


Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
Ген - объективный и всамделишный, как мы его понимаем
http://nature-wonder.livejournal.com/149920.html
"Классическое представление гена как единицы наследственной информации, содержащейся на хромосоме и кодирующей белок, радикально изменилось за последнее столетие. Для Моргана гены на хромосомах ассоциировались с ниткой бус. Революция в молекулярной биологии значительно изменила это представление. Цитируя Фалька (Falk 1986), «…ген не является […] ни дискретным […], ни непрерывным […], не имеет ни постоянной локализации […], ни ясной функции […], ни даже постоянных последовательностей […] и не имеет определенных границ». Последние результаты проекта ENCODE еще более усложнили понятие гена.

Примерное обновленное определение
1. Ген – это геномная последовательность (ДНК или РНК), непосредственно кодирующая молекулы функциональных продуктов (РНК или белка).
2. В случае, когда несколько функциональных продуктов разделяют между собой перекрывающиеся регионы, необходимо рассматривать всю совокупность этих регионов.
3. Эта совокупность должна быть когерентной (сцепленной), т.е. кодировать либо только белки, либо только РНК, при этом все конечные продукты не обязательно должны разделять общие подпоследовательности.

Кратко эти пункты можно сформулировать так:
Ген – это объединение геномных последовательностей, кодирующих когерентный набор потенциально перекрывающихся функциональных продуктов."

Перевод статьи "ENCODE: что такое ген? Эволюция понятия и новое определение гена"
http://www.cbio.ru/modules/news/article.php?storyid=2926
http://www.cbio.ru/modules/news/article.php?storyid=2927
http://www.cbio.ru/modules/news/article.php?storyid=2928
http://www.cbio.ru/modules/news/article.php?storyid=2929

-----
определение гена сведено к функции, насколько мы можем ее понять.


(Читать комментарии) - (Добавить комментарий)


[info]kouprianov@lj
2008-07-15 13:12 (ссылка)
Негуманно... Поконкретнее бы? Там за 200 страниц.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]nature_wonder@lj
2008-07-15 13:17 (ссылка)
поконкретнее пояснил ниже Анонимус. А сама публикация фигурирует в списке литературы обсуждаемого обзора.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kouprianov@lj
2008-07-15 21:31 (ссылка)
Ничего Анонимус не пояснил... Публикация, судя по тому, что я в ней вижу, пока что напрасно фигурирует в списке литературы конкретно по этому поводу. Возможно, автор обзора листал эту книгу и смотрел на картинки, но вряд ли ее читал.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]nature_wonder@lj
2008-07-15 23:46 (ссылка)
Отчего же, Анонимус вполне пояснил. То же самое вам может пояснить, только чуть более подробно, и Джеймс Уотсон (см. здесь (http://www.randomhouse.com/boldtype/0403/watson/excerpt.html)).
Или же об этом можно прочитать здесь (http://www.columbia.edu/cu/alumni/Magazine/Legacies/Morgan/).
Если кратко, то см. http://www.genomenewsnetwork.org/resources/timeline/1910_Morgan.php
«Бусины» даже фигурируют в Presentation Speech (http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/1933/press.html) (1933) по случаю присвоения Моргану нобелевской премии.

Собственно, модель линейного расположения наследственных факторов является одной из главных составляющих его вклада в генетику. А та работа 1915 г. стала классической.
Вообще говоря, это общее место.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kouprianov@lj
2008-07-16 05:27 (ссылка)
Presentation speech -- единственное, что важно в отношении вопроса, который интересует меня (спасибо за ссылку). Оттуда у этой идиотской метафоры ноги и растут, видимо. Я, некоторым образом, в курсе хромосомной теории наследственности в версии Моргана. В данном случае меня интересовало происхождение конкретной метафоры, а не довольно тривиальных утверждений о том, что Морган полагал, что менделевские наследственные факторы расположены в хромосомах линейно. Как это ни покажется странным, утверждение о том, что "для Моргана гены на хромосомах ассоциировались с ниткой бус" тоже должно иметь какое-то эмпирическое основание в текстах и речах самого Моргана.

С последним у меня пока проблема. Ни в указаной работе, ни в "Структурных основах наследственности", ни в его Нобелевской лекции (где уже вполне определенно говорится о том, что гены представляют собой участки хромосом), ни в "Развитии и наследственности", ни в "Экспериментальных основах эволюции" (названия цитирую по русским переводам) этой метафоры мне обнаружить пока не удалось (допускаю, что мог проглядеть, поскольку две последние я только подробно просматривал, но не читал целиком). Справедливости ради, следует отметить, что я не читал "Теорию гена" и не успел просмотреть весь сборник избранных работ по генетике 1937 г., но, полагаю, это все равно ни к чему не приведет. Возможно, она встречается в какой-либо другой работе, изданной до 1933 г., хотя стиль Моргана, заметный по тем текстам, которые я прочел, заставляет меня в этом сомневаться. Он очень тонкий и осторожный эмпирик. Тем не менее, если она попадется Вам на глаза, буду признателен за ссылку. Пока что мы получили подтверждение только тому, что расположение факторов в хромосомах ассоциировалось с бусами у автора Presentation speech, Фольке Хеншена.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]nature_wonder@lj
2008-07-16 08:27 (ссылка)
Понимаете, тут такое дело. За Моргана говорит предложенная им модель (теория). В ней гены выступают в качестве бусин на нитке – относительно чего в современном научном сообществе существует согласие. И пусть метафора кажется вам идиотской, но вот Уотсону и Кенделу (оба нобелевские лауреаты) она таковой не кажется, и при описании моргановской модели они именно ее используют.
Ваш исторический интерес я всячески приветствую, но сам в это углубляться не буду. Если что попадется, поделюсь. Вопрос, употреблял ли конкретное слово Морган, мне представляется периферийным.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kouprianov@lj
2008-07-16 10:00 (ссылка)
Предложенная им теория никак не требует того, чтобы гены выглядели, как бусы на нитке. С тем же успехом можно, вслед за М. Ильиным, автором книги "Горы и люди. Рассказы о перестройке природы" М.-Л.: Изд-во детск. лит., 1937, считать, что гены -- это зернышки, лежащие цепочкой внутри трубочки-хромосомы. Я не уверен, что в научном сообществе существует согласие по поводу такой интерпретации "модели Моргана", поскольку перед Вами какой-никакой, а член научного сообщества, котрый мало того, что сам не согласен с этой образной интерпретацией моргановских представлений по поводу генов, так еще и не столь уж часто слышал о ней. Более того, у самого Моргана, напимер, были очевидные и документирванные его текстами сомнения по поводу непротяженной и неделимой природы гена, связанные с интерпретаией опытов по scute.

То, что кому-то удобно описывать то, что они считают моделью Моргана, именно таким образом, еще не говорит о том, что Морган с ними согласился бы. Повторю -- на мой взгляд, он был очень осторожный эмпирик, тщательно взвешивавший все обобщающие суждения и постоянно сверявший их с результатами экспериментов. Метафора бус на нитке привносит слишком много ненужных коннотаций, которых он легко бы избежал, не двигаясь дальше констатации того, что ген -- это определенный участок хромосомы, сам по себе достаточно сложный.

Для меня это риторическое измерение важно, поскольку модель бус на нитке лишь часть карикатурных представлений о "классических" генетиках, которые "знали" много больше, чем от нее готовы ждать современные биологи и были много более осторожны в обобщениях, чем хотелось бы разного рода ниспровергателям.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]nature_wonder@lj
2008-07-16 10:21 (ссылка)
мда..кхм

(Ответить) (Уровень выше)


[info]nature_wonder@lj
2008-07-16 08:48 (ссылка)
Вот, кстати, иллюстрация из Моргана http://commons.wikimedia.org/wiki/Image:Morgan_crossover_1.jpg

самые настоящие бусы.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kouprianov@lj
2008-07-16 09:41 (ссылка)
Спасибо. Я именно эту картинку уже видел. Это репродукция иллюстрации из все той же работы 1915 г., только развернутая на 90 градусов по часовой стрелке. Если Вы посмотрите в текст работы, то нигде не увидите никаких указаний на то, что эти шарики, из которых на рисунке состоит "хромосома", и есть гены.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]nature_wonder@lj
2008-07-16 10:01 (ссылка)
простите, вы действительно считаете, что вопрос не исчерпан?

(Ответить) (Уровень выше)

гены с дырочками
(Анонимно)
2008-07-16 14:07 (ссылка)
А что, позвольте спросить, кроме генов, могут подразумевать эти шарики?
И потом - никто ведь не обвиняет Моргана, что он полагал, что в генах есть дырочки, которыми они надеты на некую нитку.
очень рассерженный Anonimus

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: гены с дырочками
[info]kouprianov@lj
2008-07-16 20:02 (ссылка)
Напрасно сердитесь. В обсуждаемой нами проблеме (не очень крупной, по большому счету) есть несколько аспектов. Все обсуждать не возьмусь, разберу три, которые выпали первыми.

Первый. Использовал ли сам Морган эту метафору? После дополнительных поисков [info]inner_trip@lj обнаружил единственное пока упоминание в "Теории гена" (1926). Обратите при этом внимание на два обстоятельства: (1) это не та работа, на которую ссылаются в обзоре; (2) осторожность, с которой Морган подходит к этому уподоблению (см. http://kouprianov.livejournal.com/82480.html там же дана ссылка на факсимильное издание книги, в котором можно найти "рис. 19", о котором идет речь в приведенной мной цитате из Morgan, 1926; обращаю Ваше внимание и на то, что это не та картинка из Morgan at al., 1915 г., которую мы уже обсуждали ранее и будем обсуждать ниже).

Второй. Что могут подразумевать шарики на картинке из работы 1915 г., о которой Вы спрашиваете, о том можно пока лишь догадываться. Одна из гипотез состоит в том, что это -- гены. Однако эта гипотеза не находит эмпирического подтверждения по месту публикации рисунка. С тем же успехом можно предполагать, что это гипотетические микроскопические составные части хромосомы (об этом так же в тексте ничего нет -- говорю сразу). История науки -- сама по себе наука эмпирическая. Пока мы не найдем статей, писем, воспоминаний, дневниковых записей и черновых набросков, в которых было бы указано, что шарики на этом рисунке обозначают гены, это останется в области предположений. Я не исключаю, что такие свидетельства имеются, но нам они сейчас не известны. Более того, есть косвенные свидетельства против. Картинок, подобных рис. 19 из "Теории гена" (говоря про который Морган употребляет выражение like beads on a string), в "Механизме менделевской наследственности" еще нет. На с. 6 в Morgan et al., 1915 (http://www.esp.org/books/morgan/mechanism/facsimile/contents/morgan-mechanism-ch01-i.pdf) даны списки генов по группам сцепления, но детальные карты групп сцепления еще не построены.

Третий. Вопрос о том, какие коннотации вызывает образ бус -- открытый. И ответ на него также лежит в плоскости эмпирических исследований, на которые я, говорю сразу, не готов, хотя из этого (вернее, из изучения бытования различных популярных метафор относительно генов -- другой пример я привел в своем ответе [info]nature_wonder@lj) могла бы получиться неплохая статья для JHB или для ISIS. Вместе с тем, каковы бы ни были эти коннотации, у меня есть гипотеза (проверяемая при желании), что в настоящее время эта метафора используется преимущественно как один из образов примитивного состояния генетики, с ее allegedly крайне упрощенным пониманием гена, отброшенного современной наукой. Мой тезис состоит в том, что моргановская генетика была не настолько примитивна, исследователи того времени не грешили чрезмерным упрощением, а метафора "бусин (четок) на нитке" не была (несмотря на обнаруженную цитату из Моргана -- пока единственную) определяющей в понимании гена самими "классическими" генетиками.

(Ответить) (Уровень выше)


(Читать комментарии) -