Ген - объективный и всамделишный, как мы его понимаем
http://nature-wonder.livejournal.com/149920.html
"Классическое представление гена как единицы наследственной информации, содержащейся на хромосоме и кодирующей белок, радикально изменилось за последнее столетие. Для Моргана гены на хромосомах ассоциировались с ниткой бус. Революция в молекулярной биологии значительно изменила это представление. Цитируя Фалька (Falk 1986), «…ген не является […] ни дискретным […], ни непрерывным […], не имеет ни постоянной локализации […], ни ясной функции […], ни даже постоянных последовательностей […] и не имеет определенных границ». Последние результаты проекта ENCODE еще более усложнили понятие гена.

Примерное обновленное определение
1. Ген – это геномная последовательность (ДНК или РНК), непосредственно кодирующая молекулы функциональных продуктов (РНК или белка).
2. В случае, когда несколько функциональных продуктов разделяют между собой перекрывающиеся регионы, необходимо рассматривать всю совокупность этих регионов.
3. Эта совокупность должна быть когерентной (сцепленной), т.е. кодировать либо только белки, либо только РНК, при этом все конечные продукты не обязательно должны разделять общие подпоследовательности.

Кратко эти пункты можно сформулировать так:
Ген – это объединение геномных последовательностей, кодирующих когерентный набор потенциально перекрывающихся функциональных продуктов."

Перевод статьи "ENCODE: что такое ген? Эволюция понятия и новое определение гена"
http://www.cbio.ru/modules/news/article.php?storyid=2926
http://www.cbio.ru/modules/news/article.php?storyid=2927
http://www.cbio.ru/modules/news/article.php?storyid=2928
http://www.cbio.ru/modules/news/article.php?storyid=2929

-----
определение гена сведено к функции, насколько мы можем ее понять.