Теоретическая биология
Пока там мы доберемся, чтобы прямо уж теорию строить... Хотелось бы прикинуть, что мы можем сказать об основных понятиях.

Прежде всего: нельзя начать построение понятийной системы "из ничего". Всегда мы начинаем с чего-то, с какой-то уже готовой системы, а что мы с ней делаем - продолжаем, критикуем или перестраиваем - дело двадцать седьмое неполное.

Возьмем потому самую, почитай, распространенную систему понятий, претендующую на теорию биологии. Это понятия естественного отбора и конвариантной редупликации (ЕО и КР).

А теперь пойдем не "дальше" - добавлять к этим понятиям все новые принципы... как сейчас делают довольно часто. То симметрию приплетут, то еще чего. А пойдем мы потихоньку назад - посмотреть, что мы потеряли в подразумеваниях, пока пробивались к этим очень важным и богатым понятиям - ЕО и КР.

Тимофеев-Ресовский, автор понятия КР, говорит: построение себе подобных молекул встречается и у кристаллов. Но рост кристаллов - не то же самое, что КР. Не просто растет количество "живого вещества", а увеличивается число индивидов, элементарных отдельностей. индивид строит подобное себе и отталкивает от себя, давая начало новой отдельности. Это и называется КР (Тимофеев-Ресовский. 1984. Генетика, эволюция и теоретическая биология // Кибернетика живого. М. Наука).

То же и с понятием ЕО. Как только мы захотим развернуть это понятие, возникает вопрос - отбор кого? И нам придется вводить понятие индивида.

А что такое индивид? Ведь у нас есть, грубо говоря, физическая картина мира и еще пара слов - ЕС, КР. Там, дальше, лежит множество понятий современной биологии - мутации, рекомбинации, сплайсинг, генотип, фенотип, транскрипция... Очень много всего. Но мы не можем туда двинуться - нам надо сначала выстроить основные понятия теории. Как нам высказать индивид, какие для этого нужны понятия?

Можем ли мы сказать, что индивид - это то, что возникает из генов? Нет, весь разговор про гены будет потом, после введения понятия КР, а пока нам еще не удается ввести само КР - нам для этого требуется понятие индивида.

Вводя понятие индивида, мы введем и понятие класса, то есть таксона. Там надо что-то сделать с разнообразным строением индивида, вся эта сложная его внутренняя структура, благодаря которой индивиды сходны и не сходны, объединяются в одни таксоны и в другие. Для этого понадобится представление не только о экстенсионале, таксоне, но и о интенсионале класса - архетипе. Архетип означает целое некоего строения, а часть - это мерон.

Таков самый элементарный набор понятий, с которым можно начать говорить. Индивид, таксон, архетип, мерон - и далее: естественный отбор. Теперь нам надо описать изменчивость и наследственность, чтобы соединить эти понятия в общее представление об эволюции, и мы начинаем другую цепочку - от конвариантной редупликации, пойдут понятия генотипа, фенотипа, единицы наследственности, единицы транскрипции и т.п.

Интересно продолжить. Видимо, требуется не так уж и много - при введении некого нового понятия надо только сознавать, что требуется для его существования, можем ли мы описать его через уже введенные понятия или подразумевается еще что-то. При этом многие вещи полагаем взятыми из общих средств логики или математики - скажем, критерии гомологии не входят в основной словарь понятий, это операции с понятиями "уникальный", "общий", "особенность", этим мы разживемся и без особых "биологических" слов.