Некоторые из естественных - противодействующие или мешающие развитию.

Развитию чего? Христианства?

...и который церковный разум обычно именовал "прелестью" (т.е. "глюками" или бесовским обманом).

А видение самих «бесов» — это тоже «прелесть»?

В эпоху расцвета научного знания - конец 19 века - в, например, медицинской науке ситуация была та же самая. Теория сменяла теорию.

Смена теорий — это нормальный ход научного развития. Только вот гелиоцентризм геоцентризм не сменил, а ЗАменил. Равно как и дарвинизм как научная концепция заменил религиозно-мифологический креационизм.