Тут ещё вопрос про "е" и "э". Выходит, нам надо всегда смягчать č в "че", получая ç̌e, а иначе не отличим от "чэ". Получается ещё один часто используемый "тройной" знак вроде ş̌. При этом комбинации "че", "ме", "де" и прочие гораздо чаще используются, чем "чэ", "мэ" и "дэ", потому придётся постоянно смягчать.
А может сделать "e" всегда как "e", а для "э" добавить твёрдость как-нибудь? Может даже "æ"?