Напамять:
ffmpeg -y -i input_file.mpv -vf crop=in_w:in_h-144 -b 8500k out_file.mkv

Отрезаем по 72 пиксела сверху и снизу от исходного кадра mpeg и помещаем в контейнер Матроски.
Итоговый размер по вертикали должен быть кратным 16.

Обрезка видео (Crop)

Формат опции следующий:
-vf crop=width:height:x:y

Опция содержит много переменных, приведу лишь несколько примеров простой обрезки:
-vf crop=100:100 - обрезка изображения от центра до размера 100х100.
-vf crop=in_w-2*10:in_h-2*20 - обрезка по 10 пикселей слева и справа и по 20 пикселей сверху и снизу, исходя из размера исходного изображения.
-vf crop=2/3*in_w:2/3*in_h - обрезка от центра до 2/3 от исходного изображения.

Назначение переменных x и y я объяснить затрудняюсь, но в общих чертах они задают положение верхнего левого угла выходной области (необрезанной). Вычисляется для каждого кадра. Если полученное значение не является допустимым, то округляется до ближайшего допустимого значения.
Выражение для y может зависеть от x и наоборот.
К примеру -vf crop=800:600:0:0 - вырежет окошко размером 800х600 не из центра, а точно от левого верхнего угла.