>It took almost 40 years

лул "Initial release 2004; 20 years ago"

flatpak сейчас лидирует в этой области, потому что в добавок к run anywhere ещё и изоляцию какую-никакую предоставляет (по крайней мере в теории)

>Instead of the well and tried configure make install.

для бинарей это обычно tar xvf; cd Directory/bin/; ./application

опенсорсное обычно есть в репозитории, или расширенном репозитории.