Ну, за три года многое изменилось :) Возможно, якоря и надо прописать явно яваскриптом на странице, чтобы браузер их замечал, но это небольшая трудность по сравнению с преимуществами флэша.
У меня есть один сайт на флэше, сегодня добавлю туда пару якорей и протестирую на разных браузерах.

Преимущества flash:
- Легко построить красивый презентационный сайт-однодневку
- Легко встроить видео

Недостатки
- Размер
- Вышеприведенные проблемы, связанные с навигацией
- Невозможность скопировать текст

В 99.9% случаев без Flash можно замечательно обойтись.

Да нет, преимущества флэша в том, что на нем можно писать полноценные приложения. Флэш, в общем, уже перестал быть инструментом дизайна, он превращается в среду разработки. Ну, и сайты красивые можно строить, не в пример HTML-у, и необязательно однодневки. А все остальное - так это вопрос к дизайнерам. Сайт по идее должен быть таким, чтобы в браузере величину шрифтов не надо было менять, и вообще ничего не надо было менять. Я, например, этими вещами не заморачиваюсь. Неудобно читать - до свидания. Чтобы я полез в браузер шрифты с цветами менять - вообще такого не припомню. А до мобильников - пофиг.

преимущества флэша в том, что на нем можно писать полноценные приложения

Не самодостаточные ж приложения для офлайнового использования - для встраивания в HTML-страницу.

Сайт по идее должен быть таким, чтобы в браузере величину шрифтов не надо было менять

Вот я и говорю: 99.9% стильных и удобных сайтов можно сделать без всякого Flash.

А до мобильников - пофиг

Вот так прямо на 11 - 25% (http://www.fiercewireless.com/node/9759/print) пользователей пофиг?

Не самодостаточные ж приложения для офлайнового использования - для встраивания в HTML-страницу.

Ну понятно. Для оффлайновых приложений и так графических средствов хватает, а для серверных - дефицит.

Вот я и говорю: 99.9% стильных и удобных сайтов можно сделать без всякого Flash.

Можно, но во флэше многое гораздо удобней делать - те же кнопки, да и вообще любые нестатичные вещи. При этом они совсем необязательно должны вертеться, крутиться и сверкать всеми оттенками радуги попеременно.

Вот так прямо на 11 - 25% пользователей пофиг?

Ну то есть абсолютно. Я могу себе это позволить, так как не занимаюсь сбытом интернет-контента. Те, кто не может - там, конечно, другой разговор. Я вообще не в курсе, какие технологии поддерживают мобильники, и пойдет ли там яваскрипт.

во флэше многое гораздо удобней делать - те же кнопки

Удобство программиста не всегда является удобством для пользователя. Нефункционирующий при отсутствии flash-плагина сайт - не есть хорошо. Справедливости ради, то же относится и к использованию AJAX.

Дополнительные недостатки, частично отмеченные Нильсеном:
- Невозможность регулировать размер/цвет/вид шрифта (FF и Opera позволяют отключать CSS в HTML или подключать свои - очень полезная штука, учитывая немалое число сайтов с мелким или набранным белым по серому текстов)
- Абсолютная несовместимость с браузерами в мобильных телефонах