Не знаю, как насчет старого интерфейса...

Вот я попробовал вставить код, сгенерированный ЮТ, в ЖЖ и ЛЖР и посмотреть, что выходит.

Оригинал, сгенерированный ЮТ:
<iframe width="420" height="315" src="http://www.youtube.com/embed/FrCtjdvrq9g" frameborder="0" allowfullscreen></iframe>

После конвертации ЖЖ (играет):
<lj-embed id="53">
<iframe width="420" height="315" src="http://www.youtube.com/embed/FrCtjdvrq9g?wmode=opaque" frameborder="0" allowfullscreen="allowfullscreen"></iframe>
</lj-embed>

После конвертации ЛЖР (не играет):
<iframe width="420" height="315" src="http://www.youtube.com/embed/FrCtjdvrq9g" frameborder="0" allowfullscreen="allowfullscreen"></iframe>

А вот код работающего ролика из твоего же ЛЖР, вставленного полтора месяца назад (1.10.):
<iframe
src="http://www.ljr-embed.ru/tools/embedcontent.bml?journalid=15&moduleid=95&preview=&auth_token=sessionless:1352534400:embedcontent:15%2695%26:09fc555dd30d6b861b4bc4a1fc26d215d3cbd45b"
width="470" height="365" allowtransparency="true" frameborder="0" class="lj_embedcontent" name="embed_15_95"></iframe>

Из чего, ящетаю, следует, что что-то с тех пор поменялось в ЛЖР.