rms1's Journal

Праздник Луддизма
продолжение

Особо для уважаемых katayt и a_p.
Ну, значит, послал я им в Хромовижн аррэй с Her2New на анализ. Аррей приличный, на 365 точек. Сегодня назад прислали, я лично с утра глянул ( чем страшно напугал постдоков). Не, математики проклятые, врёшь, не возмёшь. Я проанализировал 240 точек, мой первоначальный диагноз расходился с машинным в 25 случаях. В 24 случаях машина явно ошиблась – считала эритроциты, пятно грязи, складку на ткани, куда набился краситель. В паре случаев, выбор между 1 и 2 – дело вкуса, я поставил 2, машина 1. С другой стороны, сравнил картинку где я поставил 1, а машина 2 – машина поставила 1 за менее яркую окаску при сравнении с собственной же двойкой. То есть моё 1-2 соответсвовало реальной яркости окраски, а машина пробила в обратном порядке. Тройки, впрочем, все совпали. Хотя машина повыдавла лишних троек, в одном случае вообше на пустое место с отпавшим срезом. То есть если машине давать определять кого лечить антителами, кого нет, то процентов 10-15 получат лечение зря (10 000 на курс), и, что ещё хуже, порядка 5% процентво с невыраженой экспрессией (2) не получат лечения. Дешевле и эффективнее предложить посмотреть патологу. Ситуацию, кстати можно несколько поправить мерами довольно примитивными – лучше подавлять эндогенную пероксидазу, а ещё лучше вовсе отказаться от пероксидазной метки, перейти на шелочную фосфатазу, или вовсе на что-то экзотичесчкое. Правда FDA approval только для пероксидазных китов. А в Европе не знаю. Ну и ещё кое-что. В целом, хотя машина не годится для арреев, но, возможно, может читать стандартные стёкла, где уровень шума меньше. Тем не менее, учитывая потенциальную стоимость решения, я бы поостерегся пока полагаться на машинную считку. Нам мелкоскопов не надо, у нас глаз и так пристрелямши. Кто им интересно FDA approval выдал? Написать, что ли куда в журнальчик. Убьют, нет? Не, подожду, может нашего заключения кто официально попросит...