А емакс используется гуёвый (если да, то с каким тулкитом, gtk2/3, athena итд) или консольный? И копирование делается через встроенные средства (C-y/M-w) или мышкой?

Там просто разные механизмы используются (работа с буфером в линаксе это вообще тот ещё ад). В некоторых случаях емакс вообще не в курсе, как с него копируют, а в некоторых случаях всё зависит от терминала, в котором емакс запущен.

Для работы с копированием можно, например, переопределить interprogram-cut-function и interprogram-paste-function, но они срабатывают только на встроенном kill/yank, и при вставке средней кнопкой не выполняются.