Профессор Московской духовной академии Алексей Осипов и православный историк Игорь Смыслов назвали основные причины, по которым не стоит канонизировать Николая II.

1. Жизнь царя и его семьи отличалась несвойственным для православных мистицизмом. Ко двору приглашались всевозможные маги (Распутин).
2. Даровав свободу в 1905 году иным конфессиям, Николай II оставил РПЦ в униженном и подчиненном положении. В то время как все остальные могли проводить свои съезды, избирать духовных лидеров, РПЦ единственной не было позволено провести собор и избрать патриарха. Царица крайне неуважительно относилась к иерархам, писала: "В Синоде одни животные".
3. Царь отрекся от престола за себя и за сына. За сына он этого делать не имел права. Фактически он уничтожил монархическую форму правления.

В то же время Архиерейский собор РПЦ в 2000 году определил "прославить как страстотерпцев в сонме новомучеников и исповедников Российских Царскую Семью". "В последнем Православном Российском монархе и членах его Семьи мы видим людей, искренне стремившихся воплотить в своей жизни заповеди Евангелия. В страданиях, перенесенных Царской Семьей в заточении с кротостью, терпением и смирением, в их мученической кончине в Екатеринбурге в ночь на 17 июля 1918 года был явлен побеждающий зло свет Христовой веры", - говорится в определении Собора.