wasserstrahl's Journal
 
[Most Recent Entries] [Calendar View] [Friends]

Below are the 13 most recent journal entries recorded in wasserstrahl's LiveJournal:

    Saturday, January 20th, 2018
    12:05 am
    Получить значение gpu_architecture
    Вопрос знатокам.

    Как определить корректное значение параметра gpu_architecture для компиляции кода с помощью nvcc для локальной видеокарты?

    Поиск пока результатов не дал. Зная модель видеокарты (в т.ч. получив ее через nvidia-smi), я могу найти ее в списке, и соотнести значения. Но м.б. есть варианты получше?

    Зачем надо. Надо для скрипта, собирающего CP2K с поддержкой CUDA, причем уже на целевом компьютере с максимально возможной заточкой под него.
    Friday, July 29th, 2016
    8:28 pm
    Осторожненько так...
    Отпуск?
    Отпуск???
    Отпуск!!!!!!!!!!
    Sunday, November 15th, 2015
    11:07 pm
    CP2K: erratum
    Пара уточнений по предыдущим постам.

    1. Во-первых, более тщательный анализ показал, что центрирование молекулы в ячейке необходимо только в частном случае вэйвлетного решателя уравнения Пуассона, в общем случае это необязательно, плотность на границе ячейки может быть ненулевой (получаются псевдо-периодические краевые условия --- короче, оно работает и без соотв. инструкции, давая на выходе ту же электронную энергию, что и после центрирования). Убирать из примера не стал, но добавил уточнение в пост.
    2. Провтыкал, что HTML воспринял инструкцию &cent как управляющую даже несмотря на тэг PRE, исправил.
    3. Оказалось, что я закрыл в жжшном посте с разбором полетов комментирование. Это случайность, я забыл его открыть после очередного исправления, это связано с нюансами экспорта с тифаретника на жж. Уже открыто.

    И да, есть ли у вас пожелания по выбору веселых молекул для следующих серий? VX? метамфетамин? TNT?)
    12:30 am
    CP2K: анализ результатов оптимизации LSD
    В продолжение к http://lj.rossia.org/users/wasserstrahl/453314.html



    Итак, что мы получили на выходе (файлы из моего расчета приведены по ссылке https://mega.nz/#F!oQJ00bjY!wAFcNt6f5eCJIKFJczFFDg )?

    1. "Протокол" расчета (output-файл) opt_LSD.out, содержащий информацию о ходе и результатах расчета.
    2. Файл opt_LSD-pos-1.xyz, содержащий траекторию изменения геометрии молекулы в процессе оптимизации.
    3. Несколько файлов *.restart --- это файлы "сохранения", позволяющие в случае прерывания выполнения программы перезапустить расчет не с начала, а с одного из последних достигнутых этапов.
    4. Соответствующие им файлы *.wfn --- это волновые функции, полученные в результате решения ССП, которые также могут быть прочитаны, проанализированы и использованы.
    5. Файл opt_LSD-BFGS.Hessian, содержащий приближение гессиана, полученное в ходе оптимизации геометрии с помощью алгоритма Бройдена-Флетчера-Гольдфарба-Шанно (BFGS), используемого в CP2K по умолчанию.

    Output-файл.



    Начинается преамбулой с указанием ряда технической информации, включая версию программы, флаги компиляции, некоторые параметры расчета, включая исходную геометрию, выбранный метод и т.д.

    Далее начинается процедура оптимизации геометрии:

     *******************************************************************************
     ***                     STARTING GEOMETRY OPTIMIZATION                      ***
     ***                                   BFGS                                  ***
     *******************************************************************************
    


    Последующая часть output'а состоит из набора однообразных фрагментов, каждый из которых соответствует очередному шагу поиска равновесной геометрии.

    Техническая информация:
    --------------------------
     OPTIMIZATION STEP:      2
     --------------------------
    
     DISTRIBUTION OF THE NEIGHBOR LISTS
                  Total number of particle pairs:                               1194
                  Total number of matrix elements:                              7413
                  Average number of particle pairs:                             1194
                  Maximum number of particle pairs:                             1194
                  Average number of matrix element:                             7413
                  Maximum number of matrix elements:                            7413
    
     Number of electrons:                                                        126
     Number of occupied orbitals:                                                 63
     Number of molecular orbitals:                                                63
    
     Number of orbital functions:                                                121
     Number of independent orbital functions:                                    121
    
     Parameters for the always stable predictor-corrector (ASPC) method:
    
      ASPC order: 0
    
      B(1) =   2.000000
      B(2) =  -1.000000
    
     Extrapolation method: ASPC
    

    Итеративное решение ССП и его результаты:
     SCF WAVEFUNCTION OPTIMIZATION
    
      ----------------------------------- OT ---------------------------------------
      Minimizer      : CG                  : conjugate gradient
      Preconditioner : FULL_SINGLE_INVERSE : inversion of 
                                             H + eS - 2*(Sc)(c^T*H*c+const)(Sc)^T
      Precond_solver : DEFAULT
      Line search    : 2PNT                : 2 energies, one gradient
      stepsize       :    0.08000000                  energy_gap     :    0.08000000
      eps_taylor     :   0.10000E-15                  max_taylor     :             4
      ----------------------------------- OT ---------------------------------------
    
      Step     Update method      Time    Convergence         Total energy    Change
      ------------------------------------------------------------------------------
         1 OT CG       0.80E-01    0.6     0.00499787      -132.9638373426 -1.33E+02
         2 OT LS       0.25E+00    0.0                     -132.9766523882
         3 OT CG       0.25E+00    0.2     0.00248243      -132.9877867426 -2.39E-02
         4 OT LS       0.27E+00    0.2                     -132.9941400844
         5 OT CG       0.27E+00    0.2     0.00111336      -132.9941768872 -6.39E-03
         6 OT LS       0.25E+00    0.7                     -132.9953375248
         7 OT CG       0.25E+00    0.2     0.00057071      -132.9953490620 -1.17E-03
         8 OT LS       0.26E+00    0.1                     -132.9956695813
         9 OT CG       0.26E+00    0.2     0.00029537      -132.9956701023 -3.21E-04
        10 OT LS       0.22E+00    0.2                     -132.9957389738
        11 OT CG       0.22E+00    0.2     0.00013662      -132.9957418191 -7.17E-05
        12 OT LS       0.23E+00    0.2                     -132.9957580814
        13 OT CG       0.23E+00    0.2     0.00006623      -132.9957581399 -1.63E-05
        14 OT LS       0.24E+00    0.1                     -132.9957620855
        15 OT CG       0.24E+00    0.2     0.00003683      -132.9957620888 -3.95E-06
        16 OT LS       0.31E+00    0.2                     -132.9957635908
        17 OT CG       0.31E+00    0.2     0.00002360      -132.9957636744 -1.59E-06
        18 OT LS       0.31E+00    0.1                     -132.9957643309
        19 OT CG       0.31E+00    0.2     0.00001652      -132.9957643309 -6.57E-07
        20 OT LS       0.28E+00    0.2                     -132.9957646181
        21 OT CG       0.28E+00    0.2     0.00001146      -132.9957646215 -2.91E-07
        22 OT LS       0.29E+00    0.2                     -132.9957647646
        23 OT CG       0.29E+00    0.3     0.00000792      -132.9957647647 -1.43E-07
    
      *** SCF run converged in    23 steps ***
    
      Core-core repulsion energy [eV]:                          27310.25943600658138
      Core Hamiltonian energy [eV]:                             -5778.36888981168067
      Two-electron integral energy [eV]:                       -50301.77870500837162
      Electronic energy [eV]:                                  -30929.25824231586739
    
      Total energy [eV]:                                        -3618.99880630928556
    
      Atomic reference energy [eV]:                              3619.16398738078260
      Heat of formation [kcal/mol]:                                 3.80916630197567
    
      outer SCF iter =    1 RMS gradient =   0.79E-05 energy =       -132.9957647647
      outer SCF loop converged in   1 iterations or   23 steps
    


    Далее следует анализ распределения зарядов по Малликену (сами посмотрите), после него --- суммарная информация по шагу и сравнение результатов с допусками. Этап расчета градиента при таких настройках вывода не озвучивается.

     ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy (a.u.):             -132.995764830868666
    
    
     --------  Informations at step =     2 ------------
      Optimization Method        =                 BFGS
      Total Energy               =      -132.9957648309
      Real energy change         =        -0.0030547509
      Predicted change in energy =        -0.0061894953
      Scaling factor             =         0.0000000000
      Step size                  =         0.1108009430
      Trust radius               =         0.4724315332
      Decrease in energy         =                  YES
      Used time                  =                5.079
    
      Convergence check :
      Max. step size             =         0.1108009430
      Conv. limit for step size  =         0.0030000000
      Convergence in step size   =                   NO
      RMS step size              =         0.0230440603
      Conv. limit for RMS step   =         0.0015000000
      Convergence in RMS step    =                   NO
      Max. gradient              =         0.0102268176
      Conv. limit for gradients  =         0.0004500000
      Conv. for gradients        =                   NO
      RMS gradient               =         0.0033158036
      Conv. limit for RMS grad.  =         0.0003000000
      Conv. for gradients        =                   NO
     ---------------------------------------------------
    


    Поскольку критерии сходимости не достигнуты, начинается следующий шаг.

    После достижения критериев выполняется еще один процесс решения ССП в равновесной точке, выводит финальную электронную энергию:

     ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy (a.u.):             -132.999805724373459
    


    После чего выводит статистическую информацию, подборку ссылок на статьи по методам, использованным в расчете (важно и удобно!) и завершается.

    Траектория изменения геометрии.


    Файл opt_LSD-pos-1.xyz состоит из набора XYZ-файлов (слепленных в один), каждый из которых описывает геометрию на соответсвующем шаге оптимизации. Этот файл можно просмотреть в текстовом редакторе (и, например, скопировать из него последнюю --- равновесную --- геометрию), а также можно открыть в Avogadro и анимировать движение к равновесию: для этого нужно выполнить avogadro opt_LSD-pos-1.xyz, после чего выбрать Меню --- Расширения --- Анимация и в появившемся окошке открыть тот же файл еще раз. После чего можно автоматически (работает не везде) или вручную ползунком анимировать изменение геометрии в процессе оптимизации. Можно также сохранить это как видео, только нужно установить на систему пакеты povray и mencoder. Пример видео приведен в каталоге с файлами расчета.
    Saturday, November 14th, 2015
    3:15 pm
    CP2K: первый пример. Полуэмпирическая оптимизация молекулы LSD
    Итак, начнем разбирать примеры с простого и приятного -- полуэмпирики. Почему именно с архаичного и забытого многими метода? Прежде всего потому, что для запуска рабочего примера нам понадобится настроить минимальное количество опций, т.к. многие из них определяются методом. Соответственно, меньше теории перед тем, как запустить реальное вычисление и посмотреть на его работу.

    Все файлы я выкладываю на облачное хранилище MEGA, они будут доступны по ссылкам в постах. Если удобнее куда-то в другое место --- напишите.

    В частности, файлы для данного расчета лежат здесь: https://mega.nz/#F!oQJ00bjY!wAFcNt6f5eCJIKFJczFFDg

    Для работы CP2K в минимальном варианте нужен только один файл, содержащий управляющие опции для работы программы. Этот файл также должен содержать исходную геометрию исследуемой системы --- координаты атомов. В принципе, координаты атомов могут быть размещены в дополнительном внешнем файле, но не будем пока что усложнять конструкцию.

    Конфигурационный файл CP2K состоит из секций (вкладываемых друг в друга) и параметров. Начало секции объявляется амперсандром & с названием секции, завершение -- амперсандом со словом end и необязательным названием секции, например:
    &global

    &end global

    Или:
    &global

    &end


    Несмотря на то, что название секции после &end необязательно, его лучше указывать, чтобы не запутаться.

    Параметры указываются как имя и значение (для некоторых параметров необязательное), разделенные пробелами.

    &global
    print_level medium
    &end global


    Восклицательный знак используется для объявления комментариев (все содержимое от восклицательного знака до конца строки игнорируется). Регистр букв не имеет значения --- по традиции почему-то обычно пишут прописными, но я лично предпочитаю строчные.

    Набор возможных настроек обширный, но настраивать, разумеется, нужно не все. Большинство параметров имеют относительно разумные значения по умолчанию. Таким образом, мы изменяем параметры там, где:
    --- Мы непосредственно хотим поменять поведение программы;
    --- Где значения по умолчанию нас не устраивают;
    --- Где значения по умолчанию не совместимы с другими настройками расчета, которые нам нужны (к сожалению, CP2K не умеет менять одни параметры в зависимости от значений других).

    Обычно для учебных расчетов пользователи CP2K почему-то предпочитают кластеры воды, но оставим это уныние и попробуем оптимизировать что-то повеселее --- например, молекулу LSD-25.

    Для получения начальных координат молекулы воспользуемся свободной программой-редактором Avogadro, которую можно скачать с официального сайта или установить из репозитория. В Avogadro нужно нарисовать молекулу по структурной формуле, после чего оптимизировать ее геометрию молекулярной механикой (Меню -- Расширения -- Оптимизировать геометрические параметры, повторять пока молекула не перестанет изменяться), результат сохранить в файл в формате XYZ (*.xyz) (в каталоге с файлами расчета результат сохранен как LSD_mm.xyz).

    Ниже привожу комментированный файл конфигурации (input-файл). Звездочки означают пояснения после текста файла.

    Конфиг и пояснения )
    12:13 am
    CP2K: квантовая химия "для кающихся грешников"(с)
    Разгребаюсь потихоньку с CP2K.

    Совершенно примечательная программа для квантовохимических расчетов. Свободная и бесплатная, от перечня возможностей начинается бурное слюноотделение, но уровень документирования... просто катастрофически ужасен. Есть reference manual с кратким описанием параметров, есть набор собственных тестов, несколько туториалов и упражнений по отдельным вопросам, плюс гугл-группа (весьма живая). Влазить в этот трэш без предварительного опыта с какой-нибудь более вменяемой программой настоятельно не рекомендуется.

    Ну а я попробую изобразить небольшую серию постов с примерами и объяснениями, по мотивам и итогам, может кому поможет.

    Итак, для начала о том, как поставить это себе на комп. В Debian и особо мною любимом LMDE делается, как и полагается, линейно через apt-get install cp2k (cp2k есть в стандартном репозитории Debian).

    Однако, если нужна более свежая версия (в том числе экспериментальная), а также если хочется использовать CUDA (да, cp2k это умеет), то нужно ставиться из исходников.

    В системе нужно поставить следующие пакеты: subversion gfortran gcc make libopenblas-dev libfftw3-dev libint-dev libxc-dev g++ (названия указаны для пакетной базы Debian, все присутствуют в репозитории. UPD 16.01.2016: добавил g++). Для CUDA нужен также nvidia-cuda-toolkit. На самом деле часть этих пакетов опциональна, кроме того, можно использовать еще некоторые дополнительные библиотеки, которых нет в репозитории --- я перечислил все, что можно выжать из обычного репозитория Debian.

    Отдельное замечание о libopenblas-dev: при установке этот пакет через механизм update-alternatives изменяет конфигурацию системы таким образом, чтобы функции динамически подключаемой библиотеки BLAS на системе выполняла именно OpenBLAS. Если вы устанавливали OpenBLAS ранее или пользуетесь другими библиотеками --- трахайтесь с компиляцией самивнимательно настройте параметры под себя.

    Инструкции по получению исходников приведены на оф.сайте: http://www.cp2k.org/download Для получения текущей экспериментальной версии нужно выполнить команду svn checkout http://svn.code.sf.net/p/cp2k/code/trunk cp2k

    Настройка параметров компиляции производится с помощью файлов в подкаталоге cp2k/cp2k/arch полученного дерева исходников. Название файла в этом каталоге соответствует представляемой им "платформе" --- важнейшим параметрам системы: ОС, компилятор, набор инструкций процессора, а также способ параллелизации. CP2K поддерживает параллельность через MPI и через OpenMP, а также через комбинацию двух этих вариантов. По опыту работы на однопроцессорных многоядерных системах --- OpenMP в CP2K работает быстрее и [естественно] жрет меньше памяти, чем MPI. Потому править будем файл Linux-x86-64-gfortran.ssmp.

    Мой конфиг, удачно прошедший компиляцию, выглядит так:

    Без CUDA:


    CC = gcc
    CPP =
    FC = gfortran
    LD = gfortran
    AR = ar -r
    OPENBLAS_INC = /usr/include/openblas
    OPENBLAS_LIB = /usr/lib
    GCC_DIR=
    FFTW_INC = /usr/include
    FFTW_LIB = /usr/lib/x86_64-linux-gnu
    LIBINT_INC = /usr/include/libint
    LIBINT_LIB = /usr/lib
    DFLAGS = -D__FFTW3 -D__LIBINT\
    -D__LIBINT_MAX_AM=7 -D__LIBDERIV_MAX_AM1=6 -D__MAX_CONTR=4
    #-D__PW_CUDA
    CPPFLAGS =
    FCFLAGS = $(DFLAGS) -O2 -ffast-math -ffree-form -ffree-line-length-none\
    -fopenmp -ftree-vectorize -funroll-loops\
    -mtune=native\
    -I$(OPENBLAS_INC) -I$(FFTW_INC) -I$(LIBINT_INC)
    LDFLAGS = $(FCFLAGS) -static-libgfortran
    LIBS = $(OPENBLAS_LIB)/libopenblas.a\
    $(FFTW_LIB)/libfftw3.a\
    $(FFTW_LIB)/libfftw3_threads.a\
    $(LIBINT_LIB)/libderiv.a\
    $(LIBINT_LIB)/libint.a


    С CUDA:

    CC = gcc
    CPP =
    FC = gfortran
    LD = gfortran
    AR = ar -r
    OPENBLAS_INC = /usr/include/openblas
    OPENBLAS_LIB = /usr/lib
    GCC_DIR=
    FFTW_INC = /usr/include
    FFTW_LIB = /usr/lib/x86_64-linux-gnu
    LIBINT_INC = /usr/include/libint
    LIBINT_LIB = /usr/lib
    DFLAGS = -D__FFTW3 -D__LIBINT\
    -D__LIBINT_MAX_AM=7 -D__LIBDERIV_MAX_AM1=6 -D__MAX_CONTR=4
    CPPFLAGS =
    FCFLAGS = $(DFLAGS) -O2 -ffast-math -ffree-form -ffree-line-length-none\
    -fopenmp -ftree-vectorize -funroll-loops\
    -mtune=native\
    -I$(OPENBLAS_INC) -I$(FFTW_INC) -I$(LIBINT_INC)
    LDFLAGS = $(FCFLAGS) -static-libgfortran
    LIBS = $(OPENBLAS_LIB)/libopenblas.a\
    $(FFTW_LIB)/libfftw3.a\
    $(FFTW_LIB)/libfftw3_threads.a\
    $(LIBINT_LIB)/libderiv.a\
    $(LIBINT_LIB)/libint.a

    NVCC = /usr/bin/nvcc
    DFLAGS += -D__ACC -D__DBCSR_ACC -D__PW_CUDA
    NVFLAGS = $(DFLAGS) --gpu-architecture=compute_30
    CUDAPATH = /usr/lib/x86_64-linux-gnu
    LIBS += -L$(CUDAPATH) -lcudart -lcublas -lcufft -lrt



    Особо обращаю внимание, что $NVFLAGS обязательно должны содержать $(DFLAGS) --- инструкции по сборке этого не упоминают, но без этого компиляция не удастся.

    Поместив нужный файл в подкаталог cp2k/cp2k/arch, переходим в подкаталог cp2k/cp2k/makefiles и выполняем make ARCH=Linux-x86-64-gfortran VERSION=ssmp

    Если используете версию с CUDA, я бы рекомендовал отдельно собрать версию без CUDA, и держать рядом на всякий случай. Например, на карте с 1 Гб видеопамяти CP2K периодически ругается на невозможность выделить видеопамять и вылетает, приходится запускать без GPU. Названия версий стандартные, но принципиально не ограничены --- скажем, для конфигурации без CUDA можно создать конфигурационный файл Linux-x86-64-gfortran.ssmpnc (nc всмысле no-CUDA) или как-то так.

    Результат компиляции будет в подкаталоге cp2k/cp2k/exe, там будет ряд файлов, реально нужен только cp2k.ssmp (ну и cp2k.ssmpnc), который можно копировать куда угодно и использовать.

    Отдельное замечание об очистке каталога при неудачной сборке. Авторы наделали много разных опций для очистки, до конца там не совсем понятно, что следует использовать в каких случаях, я использую make clean ; make veryclean ; make realclean ; make distclean --- упорото, но вроде работает.
    Tuesday, June 2nd, 2015
    10:59 pm
    Ходил тут в универ на защиту
    "Почти все статьи у соискательницы опубликованы в зарубежных журналах (ЕВПОЧЯ, большинство в Acta Cryst. C, хотя и не все --- [info]wasserstrahl). Это нехорошо. Разве ж у нас нет украинских журналов? Надо публиковать в наших журналах, пусть они там за рубежом читают на украинском, и знают, какие у нас хорошие учёные!"

    Доктор наук, член специализированной учёной зрады, некогда декан факультета (нет, не МС).

    Камрады, это уже не трава. И даже не винтики со шпунтиками. Это как минимум снежок. Чистый, незамутненный, как слеза первокурсницы, марафет. И, что самое страшное для этой сраны и науки в ней, я сильно сомневаюсь в его экзогенном происхождении.

    К чести зрады, ему возразили. Правда, дискуссию быстро замяли.

    А вообще... соискательница там толковая и работящая, знаю ее давно. К работе было много вопросов и замечаний по делу, еще ряд остался за скобками, но абсолютное большинство из них надо задавать, как обычно, руководителям. Охренеть настолько, что полениться вычитать у своей аспирантки выводы --- за это таки уже надо наказывать.

    Когда мне кажется, что у нас все плохо, я вспоминаю факультетских исповедников.
    Sunday, May 31st, 2015
    7:39 pm
    К вопросу о чувстве юмора у Творца
    "Господь премудростью основал землю, небеса утвердил разумом; Его премудростью разверзлись бездны, и облака кропят росою. Сын мой! не упускай их из глаз твоих; храни здравомыслие и рассудительность" Прит.3:19-21.

    Есть нечто слегка ироничное в сочетании празднования Дня химика (как профессионального) с празднованием собственной конфирмации.
    Friday, March 6th, 2015
    1:01 pm
    О науке, искусстве, религии, IT, политике и патриотизме в одном флаконе
    Расскажу я вам, коллеги, одну прохладную историю.

    В общем, не успел я похвастаться списком публикаций за прошлый год, как по одной из невышедших еще к тому времени статей (в PCCP) пришло письмо, сообщающее, что статья опубликована на сайте в виде черновика как Accepted Manuscript. Даже думал написать об этом (поиронизировать), но все как-то руки не дошли.

    Через 10 дней приходит корректура (более известная в наших широтах как гранки, в англоязе как proofs). Т.е. текст статьи, который из формата для плебеев типа вордовского переведен в систему верстки, и который нужно вычитать на предмет ошибок и неточностей при переносе. Кроме того, исправить всякие оплошности, которые нашли редакторы и не смогли исправить сами (например, добавить пропущенные данные в ссылке).

    Корректура -- штука нервная. Ее обычно просят вычитать за 48 часов. Затянуть, в общем, обычно можно, но все равно время весьма короткое.

    Корректура приходит в 5 часов дня в пятницу.

    %;№":;%!!!

    Таки да, в химическом обществе Ее Величества и такие работают, оказывается.

    Т.е. выходные будут веселыми. Тем более, на них глобальные планы --- во-первых, пойти на лекцию про НЛО в Дом ученых. Во-вторых, одна весьма интересная и позитивная персона, которую я пытался туда позвать, пойти не смогла, но ответила контрприглашением на субботу на фильм (смотрели "Everything is Illuminated", кстати, весьма интересно). Ну и почтить день субботний хотелось бы. В итоге на выходные объявляется жесткий тайминг, корректура вычитывается, все успевается. Отсылаю исправления.

    Ответа от редакции нет, но начальство говорит, что бывает и так.

    В следущую пятницу приходит письмо "шо ж вы нам не прислали ответ, пришлите, пожалуйста, как можно скорее".

    ??!!!

    Ответ высылается повторно с объяснениями "вроде ж отсылали". Параллельно решил отправить с гмэйла (а первое сообщение отправлял со старого, хе-хе, мэйлрушного адреса). Гмыльное письмо доходит, на него присылают ответ "все ок".

    Короче... по-видимому, криворукие московиты опять не справляются со спамом, и белые люди сервак благополучно забанили.

    "Кохайтеся, чорнобриві, та не з москалями"(с)

    Адрес тот (мэйлрушный) был заведен еще в начале нулевых, а то и в конце 90-х. Но нужно от такого уходить.

    Ну там еще много чего непатриотичного --- таки да, там московские соавторы и финансирование в т.ч. по гранту имени одного гражданина на букву Х. Но от сотрудничества отказываться как раз не нужно.

    А статья спокойно вышла, в онлайне и уже в страницах, вот она: http://pubs.rsc.org/En/content/articlelanding/2015/cp/c4cp04218b

    Эта статья примечательная и войдет в анналы. Это наша первая статья, где квантовохимическое моделирование -- основная тема (до этого были работы по расчетам, но это служило вспомогательным методом, а не основой работы). Более того, это первая такая работа за довольно много лет в институте (хотя, конечно, и не первая вообще), а также в отделе (а вот тут вполне возможно, что и первая).

    За помощь в подготовке отдельное спасибо [info]alex_khavr@lj. Acknowledgement'ы и ссылка на труды -- как и договаривались.
    Friday, October 17th, 2014
    1:48 pm
    Есть мнение, что
    Химики хорошо умеют мыслить сугубо в категориях линейных корреляций. Если корреляция становится уже хотя бы квадратичной, это приводит к сморщенным носикам и плохо скрываемому ехидному недоверию.
    Saturday, September 27th, 2014
    1:49 pm
    О беженцах
    Сидим в четверг в лабе, обедаем. Тут звонит мне коллега и говорит, что меня тут ищет кто-то из новеньких из другого отдела. Говорю, что-где. Через пять минут в комнату заходит человек, с которым я когда-то давно учился в школе. Т.к. из той школы мы оба ушли, вести о его дальнейшем пути до меня доходили эпизодически. В общем, сейчас он свалил из Донецка подальше от радостей лугандонии, и теперь работает у нас. К слову, в особом трепете к украинскому не замечался, афаик этнический русский, русскоязычный.

    Рассказывал всякое-разное. В общем, диагноз "восстание люмпенов" местному "окопчению", видимый и отсюда, подтверждается полностью.
    Thursday, August 14th, 2014
    3:34 pm
    Август
    Институт практически пуст, ближе к вечеру давит на уши звенящей тишиной. Народная забава уходить в отпуск в августе всей конторой с целью экономии коммуналки в действии. Осталась только "пожарная команда" из начальства, вахтеры, некоторые рабочие для ремонтов во время отпуска, несколько сотрудников с высочайшего повеления и аспиранты 3-го года.

    Сижу в кабинете научрука (в лабе не положено), клепаю диссер потихоньку. Месяц LaTeX, в общем.
    Thursday, July 10th, 2014
    11:42 am
    Ni(salen)
    Уже заманало это каждый раз искать, просто оставлю здесь.

    salen

    Es wurden 1.7 ml Salicylaldehyd in 15 ml siedendem Ethanol in einem kleinen Erlenmeyerkolben
    gelöst. Zu der Lösung wurden 1.7 ml Ethylendiamin gegeben. Die Lösung wurde auf
    Raumtemperatur abgekühlt, wobei sich ein gelber Niederschlag bildete. Der Niederschlag wurde
    abfiltriert und im Exsikkator getrocknet.


    Ni(salen)
    Es wurden 1.3311 g Salen in 40 ml Methanol suspendiert, die Suspension wurde erhitzt, ohne dass
    sich das Salen gelöst hätte. In 10 ml Methanol wurden 1.3901 g Nickelacetattetrahydrat gelöst und
    ebenfalls erhitzt. Die Lösung war grün. Beim Zusammengiessen der heissen Lösung und der heissen
    Suspension entstand sofort ein roter, relativ feiner Niederschlag. Die im Eisbad gekühlte Lösung
    wurde durch einen Papierfilter abfiltriert und trockengesaugt.
    Um das Produkt zu reinigen, wurden die Rohkristalle in circa 100 ml kochendem Methylenchlorid
    gelöst. Die Lösung wurde heiss filtriert, da sich der Komplex im Methylenchlorid löste, die
    Verunreinigungen, wie überschüssiges Salen, sich jedoch nicht lösten. Die Mutterlauge, die das
    Produkt enthielt wurde mit Ether versetzt, was die Ausfällung des Komplexes zur Wirkung hatte. Es
    wurde so viel Ether hinzugegeben, bis praktisch keine sichtbare Ausfällung mehr erfolgte. Der
    Komplex wurde jeweils durch einen Papierfilter abfiltriert und mit wenig Ether nachgewaschen.
    Das feinfasrige, rot-orange Produkt wurde an der Luft getrocknet.
    Es wurden 0.0082 g des Produktes eingewogen und in einem 100 ml Messkolben in Ethanol gelöst,
    was nicht sehr gut ging. So wurde eine 2.51·e-4 M Lösung erhalten.

    Кошерную ссылку найти потом.
About LJ.Rossia.org