А им уже нельзя ставить ссылки и нормально добавлять картинки. (Это еще в движке LJ было, как я понимаю.) Так что если полностью запретить разметку — ничего страшного.

1. Указать рядом с полем ввода комментария, что под анонимом HTML нельзя.
2. В код добавить

use HTML::Entities;

# ...

# если аноним
{
  encode_entities($text, '<>&"');
}

Как-то так.

(Reply to this) (Parent) (Thread)

Даже не '<>&"', а просто '<>&'.

(Reply to this) (Parent)