Пробую решить проблему уменьшив разрешение и битрейт. Если мне удастся заставить планшет нормально это воспроизвести, то расскажу решение. Играюсь я с программой Xilisoft HD Video Converter. Сам я одну лекцию снимал на свою камеру, потом успешно закодировал и видео отлично проигралось на планшетке, при этом все на доске четко было видно. Кодек я использовал тот же H.264, аудио в AAC, но вот разрешение 640x480, ну и fps не 50, а 25. Надеюсь, что у меня все получится с теми же параметрами и при переконвертации, может кому тоже поможет.