Емельян Пугачев, принявший имя императора Петра III, обнародовал манифест, которым он жаловал казаков старинными вольностями и привилегиями. С этого дня началось крестьянское восстание под его предводительством.

Пользуясь слухами, что император Пётр III жив, Пугачёв назвался им; он был одним из нескольких десятков самозванцев, выдававших себя за Петра, и самым удачным из них. Почва для восстания была готова: недовольство казаков, лишаемых воли, волнение крестьян, ожидавших освобождения после отобрания крестьян у монастырей, движение среди горно-заводских крестьян. Немногие казаки верили, что Пугачёв являлся Петром III, но все пошли за ним. Скрывая безграмотность, он не подписывал своих манифестов; впрочем, сохранился его «автограф» на отдельном листе, имитирующий текст письменного документа, по поводу которого он говорил грамотным сподвижникам, что написано «по-латыни».

К вечеру 16 сентября 1773 г. на хуторе Толкачева вблизи Бударинского форпоста собралось около 40 яицких казаков, служивых калмыков и татар. Был зачитан написанный Почиталиным указ к Яицкому войску, вызвавший всеобщее одобрение. Пугачёв указа не подписал, объяснив это тем, что до приезда в Петербург подписывать бумаг не может. Попросив собравшихся собрать по ближайшим форпостам и хуторам сторонников, Пугачёв решил на следующий день выступить к Яицкому городку. 17 сентября отряд в 60 человек с развернутыми знаменами двинулся в поход, собирая на попутных форпостах и хуторах людей, при подходе к Яицкому городку 18 сентября отряд насчитывал около 200 человек.В скором времени к Пугачёву через Чаган перебрались отряды Д.Лысова, чуть позже А.Овчинникова, кроме того восставшие окружили и уговорили сдаться команду из 200 казаков войскового старшины А.Витошнова, отправленную на вылазку. Тем не менее сил для штурма городка было недостаточно и после повторного приступа 19 сентября Пугачёв с войском направилисбь вверх по Яику. В этот же день были казнены 11 казаков из отряда Витошнова, отказавшихся признать Пугачёва государем. У Рубёжного форпоста был собран круг, на котором войсковым походным атаманом был выбран Андрей Овчинников, полковником - Дмитрий Лысов, Андрей Витошнов получил звание есаула, Тимофей Мясников возглавил личную гвардейскую сотню Пугачёва. Как признавался на допросах сам Пугачёв, он мало управлял с этого момента своей армией, так как не знал ни местности, ни людей. Казаки сами вели переговоры на форпостах, станицах и хуторах, уговаривая товарищей присоединяться. Выслав 20 сентября в Илецкий городок Овчинникова, на следующий день Пугачёв беспрепятственно въехал в него, приняв в войско илецкий казачий полк во главе с Иваном Твороговым. Взятие крепостей Яицкой линии — Россыпной, Нижнеозерной, Татищевой, Чернореченской, проходило по похожему сценарию, казаки переходили к Пугачёву, офицеры дрались до последнего, оставшихся в живых ждала виселица. После взятия Татищевой Пугачёву приглянулась дочь коменданта Елагина — Татьяна Харлова, вдова повешенного днём ранее коменданта Нижнеозёрной крепости. Он приказал отвести её в свою коляску, с ней оставили малолетнего брата.

Казаки, ревностно следившие за личными симпатиями Пугачёва, не допускали, чтобы при нём мог появиться кто-либо, влиявший на принятие решений. 3 ноября, воспользовавшись отлучкой Пугачёва, они застрелили Харлову с братом. Позднее так же самовольно они расправились с несколькими пленёнными офицерами, помилованными Пугачёвым и оставленными служить ему лично.

…

После поражения в битве у Солениковой ватаги Е.И. Пугачев с остатками своего войска бежал вдоль Волги на юго-восток и к вечеру 25 августа переправился с правого берега Волги в 20 верстах выше Черного Яра сперва на один из волжских островов, а с него - на левый берег Волги. Переправившись, Е.И. Пугачев повел отряд на восток, перешёл Ахтубу, на левом берегу которой было устроено совещание о дальнейших действиях. Пугачев предлагал пойти вниз по Волге к Каспийскому морю, а оттуда пробираться скрытными дорогами на Украину, к запорожским казакам, или в Турцию, подобно некрасовцам, либо уйти в Башкирию или в Сибирь. Он не знал о уже сложившемся к этому времени в его отряде заговоре казацких полковников, решивших в обмен на Пугачёва получить от правительства помилование. Обсуждение заговора началось в середине августа, в нём приняли участие И.А. Творогов, Ф.Ф. Чумаков, И.П. Федулев и ещё полтора десятка яицких казаков. Они наотрез отказались от любых предложений Пугачёва и в свою очередь предложили двигаться в сторону Узеней. Отряд двинулся к Узеням кружным путем: сначала вверх по течению Ахтубы, затем левым берегом Волги до Николаевской слободы напротив Камышина, оттуда на юго-восток к озеру Эльтон, а с Эльтона на северо-восток к Узеням. 8 сентября остановились у Большого Узеня. Здесь заговорщики бросились вязать Пугачёва, пока остальные казаки отряда находились в отдалении. На пути к Яицкому городку Пугачёв дважды предпринимал попытки к бегству, но неудачно. При приближении к Яицкому городку Творогов и Чумаков выехали вперёд для обсуждения условий сдачи, встреченный ими поисковый отряд сотника Харчева доставил Пугачёва в Яицкий городок 15 сентября. В тот же день был проведён первый его допрос, на следующий день ещё один[7]. Следователь Маврин подробно выяснил детали биографии Пугачёва, детали хода восстания и планы в его завершающей части. Проводя допрос, Маврин отметил в донесении начальнику секретных комиссий генерал-майору П.С. Потемкину, что Пугачёв держался с большим достоинством и мужеством. Позднее прибывший в Яицкий городок генерал-поручик А.В. Суворов лично допросил самозванца 17 сентября, а 18 сентября сформировал и возглавил отряд для конвоирования Пугачёва в Симбирск. Для перевозки была изготовлена и установлена на двухколёсную арбу тесная клетка, в которой Пугачёв не мог выпрямиться и хотя бы расправить тело.

…

Первое заседание суда состоялось 30 декабря в Тронном зале Кремлевского дворца. Были оглашены и рассмотрены результаты следствия. 31 декабря утром в суд был доставлен Пугачёв. Стоя на коленях он ответил на заготовленные вопросы о признании своих преступлений, после чего суд принял решение: «Емельку Пугачева четвертовать, голову воткнуть на кол, части тела разнести по четырем частям города и положить на колеса, а после на тех местах сжечь». Вместе с Пугачёвым к четвертованию был приговорён и Афанасий Перфильев. Ещё четыре человека — И.Зарубин, М.Шигаев, Т.Подуров и В.Торнов были приговорены к повешению, причём Чику-Зарубина должны были казнить в Уфе, осаду которой он вёл.

Приговор приведён в исполнение 10 (21) января 1775 на Болотной площади. По рассказам современников (переданных, в частности в пушкинской «Истории Пугачёва»), палач имел тайное указание от Екатерины II сократить мучения осуждённых, и Пугачёву с Перфильевым сначала отсекли головы, а только потом уже мёртвых четвертовали. Стоя на эшафоте, Пугачев крестился на соборы, кланялся на все стороны и говорил: «Прости, народ православный, отпусти мне, в чем я согрешил перед тобой… прости, народ православный!» Через несколько секунд отрубленная палачом голова показалась в воздухе, на спице, остальные части тела — на колесе.

Первую жену Пугачёва Софью Дмитриевну и детей Трофима, Аграфену и Христину, а также вторую жену — Устинью Петровну (Кузнецову) приговорили к содержанию в Кексгольмской крепости.