Вот, как в РБК:

"назначить по 10 лет М.Ходорковскому и П.Лебедеву в колонии общего режима и с лишением права занимать должности на госслужбе и заниматься деятельностью, связанной с руководством и управлением организациями сроком 3 года".

Т.е. речь идёт о трех годах. Но все-равно не понятно. Ладно, назначение руководителей банков регулируется ЦБ. Но каким образом регулируется законодательством назначение руководителей всех иных частных структур? Интересно, дядька Шохин ссылался на какую-нибудь статью закона?

Регулируется. Читайте Уголовный кодекс РФ.

Статья 47. Лишение права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью
1. Лишение права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью состоит в запрещении занимать должности на государственной службе, в органах местного самоуправления либо заниматься определенной профессиональной или иной деятельностью.
2. Лишение права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью устанавливается на срок от одного года до пяти лет в качестве основного вида наказания и на срок от шести месяцев до трех лет в качестве дополнительного вида наказания.
3. Лишение права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью может назначаться в качестве дополнительного вида наказания и в случаях, когда оно не предусмотрено соответствующей статьей Особенной части настоящего Кодекса в качестве наказания за соответствующее преступление, если с учетом характера и степени общественной опасности совершенного преступления и личности виновного суд признает невозможным сохранение за ним права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью.
4. В случае назначения этого вида наказания в качестве дополнительного к обязательным работам, исправительным работам, а также при условном осуждении его срок исчисляется с момента вступления приговора суда в законную силу. В случае назначения лишения права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью в качестве дополнительного вида наказания к ограничению свободы, аресту, содержанию в дисциплинарной воинской части, лишению свободы оно распространяется на все время отбывания указанных основных видов наказаний, но при этом его срок исчисляется с момента их отбытия.

То есть после зоны ему предлагается работать дворником? Идиотизм.... ненавижу

Дворником он не будет. И неизвестно, просидят ли они весь срок. Еще многое, что может случиться.
Все равно деньги где-то спрятаны, без штанов не останутся, не такие дураки. Может они и недальновидны были в поступке, когда согласились сдаться властям, полагаясь, что народ не допустит их арест, то уж в денежном вопросе думаю - все на мази.

а что, у них был выбор -- сдаваться или нет? они могли выбирать? откуда Вы знаете, на что они полагались ("народ не допустит их арест") -- они где-то говорили об этом? Не говоря уж об общей странности Вашего предположения об их предположении: мне кажется, богатые люди, вроде Ходорковского и Лебедева, полагаются на дорогих адвокатов, а не на народ.