Это может быть как глюком провайдера (например, сбились настройки на сервере), так и целенаправленной акцией (когда удаляются все файлы из корневой директории).

Если у вас серьезный провайдер, обратитесь к нему. А вообще, для надежности правильнее всегда иметь копию файлов на сервере в другом месте.