Никогда не ставьте себе две Java машины.
Поняли? Никогда! На работе у меня все взлетело сразу после установки, дома, где есть JRE 5 и 6 (после приснопамятной неустановки Sun Studio) я корячусь до сих пор. Бр!

UPD: У меня, оказывается, еще и 1.4.2 стоит. И по команде java вызывается именно 1.4.2. Так понятно почему у меня SS не вставала - ей надо не ниже 1.5, там половина классов отсутствует. GWT тоже нужна 1.5 и выше.

UPD2: Это еще и не Java 1.4.2! Это gij! GNU Java Compiler.

UPD3: Все разрулил, переустановил, в /etc/alternatives прописал все что надо. Работает. Пойду поставлю Sun Studio :)

P.S. Боюсь, по этим граблям больше никто ходить не будет. Это надо иметь талант!