А что, ОГПУ-НКВД Менжинского-Ягоды было "под контролем"?

Со времен ВЧК Дзержинского "органы" были государством в государстве. Весьма условно подчиняясь "партийному руководству". Которое и само-то не составляло монолита, и было вечно раздираемо непрестанными дрязгами.
...

Вообще, представление что "НКВД подчинялось Сталину" характеризует утверждающего это как человека, принципиально не понимающего работу любой спецслужбы.

Политическое руководство со спецслужбой может договориться. Но контроль за ней всегда будет весьма условным и ненадежным. Это касается любого режима - что в связке Сталин-Ежов (Берия и т.д.), что Гитлер-Гиммлер, что Рузвельт-Гувер. Всегда и везде руководитель спецслужбы в лучшем случае демонстрировал лояльность - но в любом случае был совершенно самостоятелен в своих решениях.