Re:
Он же, Ленин, писал:

"вешать под видом "зеленых" (мы потом на них и свалим) чиновников, богачей, попов, кулаков, помещиков. Выплачивать убийцам по 100 тысяч рублей"(уполномоченному Наркомпрода)

"Попов надлежит арестовывать как контрреволюционеров и саботажников(!), расстреливать беспощадно и повсеместно. И как можно больше" (1 мая 1919 года, Дзержинскому).

"дать самое решительное и беспощадное сражение черносотенному духовенству и подавить его сопротивление с такой жестокостью, чтобы они не забыли этого в течение нескольких десятилетий... Чем большее число представителей реакционной буржуазии и реакционного духовенства удастся нам по этому поводу расстрелять, тем лучше. Надо теперь проучить эту публику(!!) так, чтобы на несколько десятков лет ни о каком сопротивлении они не смели и думать". (Молотову для членов Политбюро от 19 марта 1922 года)

Это навскидку.
Вряд ли можно говорить о какой либо лояльности новой власти к церкви.