Ух и вопрос! =)
Если инструмент современный, то сопоставимость возможна - но все будет зависеть от настройки (современная 12-тонная темперация, или чистый строй).
Если инструмент аутентичный - то вряд ли, в Средневековье использовался "пифагоров строй".
Лучше бы, конечно, спросить у тех, кто на таком инструменте играл. Может, в earlymusic@lj?

По направлению мысли - да, сопоставимо.
По конкретным реализациям - зависит от того, что Вы сопоставляете: физическое расположение клавиш, альтерацию или, скажем, строй (темперацию).
Насколько я помню, до 14 века использовалась в основном строго диатоника + пониженная седьмая ступень (Bb).
Потом (в том числе и в портативные органы) стали добавлять хроматику.

Речь идёт о переносном органе конца пятнадцатого века, изображенном Хансом Мемлингом на центральной панели алтаря св. Иоанна:



Аваутерс указывает на то, что верхние (хроматические) клавиши еще неокончательно расположены между нижними (диатоническими). К сожалению, мое музыкальное образование очень условно, и я не знаю, что такое хроматические и диатонические клавиши.

Очевидно, имеется в виду переход от чистого строя к темперированному.
Суть музыкальных строев неплохо изложена тут: http://www.mushar.ru/Muzacust/muzac_3_35.html
Там есть и описание настроек средневековых органов.

Для справки: латинскими буквами в теории музыки (и статье) обозначаются диатонические звуки:
c - "до", d - "ре", е - "ми", f - "фа", g - "соль", а - "ля", h - "си"
альтерация (или хроматические звуки) обозначаются добавлением следующих обозначений:
-is - "диез" (повышение звука на полтона)
-es (или -s) - "бемоль" (понижение звука на полтона)
например: cis = "до-диез", es = "ми-бемоль". Исключение - "си-бемоль", который обозначается отдельной буквой b.
Добавление к букве цифры означает тот же звук октавой выше/ниже.

Огромное спасибо, прочитал с интересом.

Си бемоль, и есть та пониженная седьмая ступень? Просто си обозначается h. Интересно почему ей уделили такое внимание и отвели букву h?