По-моему, Вы преувеличиваете. Вряд ли все научно-исследовательские заведения РФ являются столь же естественными для государства, как нога для человека.

По-моему, ничего страшного не будет, если многие прикладные и фундаментальные направления будут эффективно развиваться и передаваться от поколения к поколению через систему ВУЗов, а не через многочисленные НИИ.