"Извините, мне кажется, что вопрос "запрещать или нет" напрямую связан с вопросом "хорошо или плохо иметь", и каким образом их можно рассматривать в отрыве друг от друга, мне не очень понятно"

Жаль, что не понятно. Вспомните фразу, которую приписывают всем кому ни попадя, но в основном Вольтеру - "Мне не нравятся Ваши убеждения, но я готов рисковать жизнью за то, чтобы защитить Ваше право высказывать их"

Еще раз объясняю: в Америке нет государственных школ. Есть Public schools. Вот публика и решает, а государству дела до того, чему граждане учат своих детей, в рамках некоторых минимальных требований, дела быть не должно.

По последнему вопросу - религиозные воззрения обыкновенно не смешиваются с гражданскими. Мнения, кто важнее - Иисус или Вишну - одинаково хороши перед лицом закона. Если государство сочтет нужным запретить какую-то религию, как противоречащую закону, другой вопрос. Потребуется некоторое обоснование, и такую религию уж точно нельзя будет ни в каком виде практиковать в школе.