Идея увековечить память двух Патриархов, имеющих нижегородские корни, возникла давно. В 2005 году в Нижегородской и Саранской епархиях РПЦ МП тожественно отметили 400-летие со дня рождения Патриарха Никона (уроженца села Вельдеманово Нижегородской губернии, мордвина по национальности), в 2007 исполнится 140 лет со дня рождения Иоанна Страгородского – будущего Патриарха Сергия (родившегося в Арзамасе).

Экспозиция будущего музея будет формироваться совместными усилиями церковно-археологического музея истории Нижегородской епархии и Нижегородского государственного историко-архитектурного музея-заповедника. По словам создателя музея Нижегородской епархии, наместника Вознесенского Печерского монастыря архимандрита Тихона (Затекина), музей Нижегородской епархии передаст в Арзамас свою выставку "Патриарх Никон", экспозиция которой включает несколько старинных священнических облачений, портреты Никона, муляжи грамот, антиминсы XVII века и многое другое. А вот экспонаты, связанные с Сергием (Страгородским), скорее всего, будут представлены Нижегородским историческим музеем.

Как заявил председатель комитета по культуре Нижегородской области Сергей Щербаков, музей в Арзамасе станет филиалом Нижегородского исторического музея. "В настоящее время мы совместно с Нижегородской епархией разрабатываем идеологию будущего музея. Возможно, кроме экспозиций, связанных с предстоятелями РПЦ, будет представлена экспозиция, посвященная православию вообще", – рассказал он.

Новый музей будет располагаться на Соборной площади, напротив Николаевского Георгиевского женского монастыря. Сейчас здание бывшего городского магистрата занято торговыми точками, но в 2007 году помещения полностью освободятся. Помимо музея здесь планируется открыть лекторий.

На сегодняшний день на территории Нижегородской епархии действует только один церковный музей – Церковно-археологический музей истории Нижегородской епархии.