третий раз переписываю коммент, потому что меня постоянно уносит в сторону.
итак, в принципе, я согласен с изложенными в посте мыслями. знание структуры предложения в плане пользя для пунктуации можно в младших классах компенсировать инотонационно (мы же часто в устной речи выделяем всякие обороты, вводные слова и все такое. по крайней мере, я лично выделяю) с последующей коррекцией со стороны учителя.
но в старших классах все равно надо преподавать пропущенную часть. а там уже сложно будет.
хотел ещё что-то написать, но время поджимает. потом допишу