Идея молекулярных часов опирается на допущение, что еволючионное дерево это именно бинарное дерево(мат.). Т.е. разделение некоторой древней формы на два новых вида происходит во временной точке, однаждыразделившись они никогда не обмениваются генетической информацией и скорость накопление изменений у них одинакова. Лет так тридцать назад было показано, что эти ограничения (особенно последнее) очень серьезно, до полной непригодности, искажают измеряемую картину. С тех пор некоторое количество ученых работает над преодолением этих ограничений, и еще некоторое количество научных сотрудников продолжает публиковать никому ненужную макулатуру, не обращая внимания на отсутсвие смысла.