Много подходов... Вот один. Вся идея основывается на мнении, что молекулярные признаки являются качественно другими, чем "морфологические". Это две реальности, причем молекулярная реальность "настоящая", а морфологическая - "эпифеномен", кажущаяся. Доказательства у этого тезиса нет, это выдумка. Грамотный генетик или молекулярщик его не примет. Но это далекая посылка. А вот следствия из этого тезиса принимаются де факто. Потому что если имеется единый набор разных признаков организма, то наличие противоречий между рядами разных признаков - это норма. По жилкованию крыльев можно сделать одну классификацию насекомых, по строению гениталий - другую. Поэтому грамотный морфолог тратит огромные силы на совмещение и согласование противоречивых рядов морфопризнаков. Ясно, что любые данные молбиологов дают ряды одной из групп признаков, ничем особенно не плохих и ничем особенно не хороших, они иногда "работают" успешно, а иногда - нет. И их надо встраивать в общеморфологические представления. Но вот тут прорывается - в силу специалисзации, молбиологи не могут объять необъятное и работать со всеми техниками сразу, и другие морфологи не могут, и вот специализация заставляет работать лишь с одной группой признаков, не принимая во внимание другие, а в случае нужды апеллируя к байкам о том, что "это же генотип", это же ДНК, это же все определяет и так важно.
То есть вывести из молекулярной морфологии эволюционное дерево нельзя потому, что это будет очень частная проекция этого дерева, примерно - как если ты построишь классификацию животных по цвету или съедобности (биохимические, кстати, получатся классификации). Не только из молекулярных, из любой заранее (до работы систематика) ограниченной группы признаков такого дерева построить нельзя. Именно поэтому Линеей и произнес свой афоризм: "НЕ признаки определяют род, а род - признаки". Любой таксон определяется ограниченной группой признаков, но невозможно заранее, до его выявления сказать, какой группой признаков он будет определяться. и потому сведение к молекулярным признакам искажает картину, причем сильно, и проверить это искажение не по чему - другие признаки считаются "второсортными". Более того, иные энтузиасты утверждают, что вообще все внешнеморфологические - это "только" признаки, а вот то, что в генах писано - это самая суть. То, что звучит так глупо при кратком изложении, обретает значимость, когда подписано именито и написано со ссылками.