я совсем не биолог, может быть поэтому... не нравится.
по крайней мере - в виде плана.

не верится, что
- клеточные автоматы-универсальная и необходимая парадигма. имхо модель, полезная в ряде случаев, не более. довольно хреново сочетающаяся с парадигмой "иерархические системы" (тут, возможно, я чего-то не знаю?)
- теории хаоса и катастроф так уж важны для биологии
- "иерархическая организация" и "логико-лингвистическая подразделенность" - разные, независимые принципы,
- опять же, цепи маркова, нечеткие множества и генетические алгоритмы - имеют ли отношение к реальным биологическим объектам - в лучшем случае это кибернетические модели, навеянные биолигией, "бионика"; странно, что еще (искусственные) нейронные
сети не упомянуты,
- Принцип материального соответствия - не имелась ли в виду
адекватность теории или модели хоть какой-то практике?

А в остальном, прекрасная маркиза...