По моему тут надо отделить два вопроса друг от друга.
''Что есть организм?'' и ''Где есть границы каждого конкретного организма?''
Если идти в более общую картину то организмом (живое) есть то, что нет механизмом (неживое)...)
А если желать упорядочить пребольшое разнообразие форм организмов (в границах каждого), надо подумать и к чему ведет количественное изучение организмов (это может и не того уровня утопия, как дать каждой звезде по названию, но все-же…)…

Выходит что вроде надо идти к качественным изучениям… все более четко обозначать разницу между механизмом и организмом…

В обобщенном виде:
смысл организма заключается в среде клетки -> клетки модифицируются -> из большого количества модифицированных клеток можно построит бесконечное число разных сообществ клеток (вторичных, третичных и т.д. организмов)… и тут как крути или не крути все равно когда-то придется упирется в теорию Процесса…