для меня это вопрос - решаемый в прагматической плоскости - вот, я нашел некую последовательность нуклеотидов. Что это такое? Для того, чтобы это понять, я делаю ee BLAST в генбанке - там идет чисто фенетический расчет того, что называют Parwise distances (как правило), т. е. программа вычисляет степень идентичности (гомологичности, если хотите) моей неизвестной последовательсноти с другими известными. Таким образом, я отвечаю на свой вопрос. Ваш скепсис по поводу мол. исследований мне известен. На мой взгля, Вы упускаете здесь массу возможностей - упускаете то, что ганному локусу часто и не надо знать о всей той сложности, кот. сопровождает видообразование. Т. е. видообразование идет во времени - и последовательности замен копятся во времени. Гомологизируя какие-то локусы и строя соотв. кладистическое дерево, я, грубо говоря, вычисляю траекторию движения данной группы во времени - и тем самым, "маркирую" эволюцию, которая, конечно, значительно сложнее, нежели история накопления замен в данном локусе.