Во-первых, "латынь остается" в том смысле, что мы анализируем на ДНК вообще, а ДНК (локусы), выделенные из каких-то организмов. Во-вторых, и это существенно, в молекулярно - систематических построениях следует использовать те локусы, кот. не имают первичного полиморфизма - скажем, локусы, представленные в единственной копии, либо те семейства повторов, в которых (в каноническом случае) все их члены одинаковые с точностью до одного нуклеотида (скежем, ITS). Это означает, что если у Вас есть вид А - и есть локус С, но у каждых 2 индивидов А последовательность С будет одной и той же. Если же вы работаете с семействами генов, то да, конечно, будут самые разные нестыковки. Далее, вот у Вас есть вид А и вид Х. Допустим, они понимаются систематиками как систематически близкие таксоны, а в анализируемом роде - 3 вида. При этом оказывается, что в отношении локуса С эти 2 вида отличаются от третьего вида В по 8 нуклеотидным позициям (8 заменами, грубо говоря). Т. е. в 10, 12, 37, 156, 217, 456, 500 и 721 позициях у видов А и Х оказываются одни и те же нуклеотиды, кот. отличают пару А и Х от В (скажем, в 10 локусе у А и Х тимин, у В - гуанин, в 12 у А и Х аденин, у В - тимин и т. д.). Все остальные позиции в данном локусе одинаковые. Совершенно естественно, что факт совпадения замен в названных 8 локусах у А и Х говорит о родстве А и Х, т. е. ситуация читается таким образом - виды А и Х девергировали от общего предка и суть сестринские таксоны, при этом группа А + Х - сестринская к В.

Допустим, А и Х отличаются друг от друга опушением (звездчатые волоски - простые волоски), а оба А и Х отличаются от В морфологией венчика (губа одной формы - губа другой формы соотв.). Разумеется, генетика всех перечисленных признаков не имеет никакого отношения к исходному локусу - но это и не требуется в нашей ситуации

petrov_ivanov