> Eto vsegda castj (variant) fonemy 'е'. V etom legko ubeditjsa, esli sklonjatj russkie slova s 'ё'.
Можно назвать это вариантом. А можно – чередованием.

> Isklucenija – eto zaimstvovannie slova, da i to tam casto pishetsja -йо-/-ьо- (йод, бульон, район etc), a ne 'ё'.
Это потому, что когда заимствовали, нормальной буквы ё в алфавите не было, вот и извращались. Сейчас некоторые иноязычные имена пишут через ё.