Как-то давно искал про это и не находил почему-то, а сейчас наткнулся, поэтому чисто для себя пишу.

В Thunderbird внешняя программа, открывающая ссылки, прописывается в следующих конфигурационных параметрах:

network.protocol-handler.app.http
network.protocol-handler.app.https

Чтобы добраться до этих параметров: Edit -> Preferences -> Advanced -> General -> Config Editor...

В моей системе (Fedora 8) вышеозначенные параметры установлены в значение /usr/lib64/thunderbird-2.0.0.14/open-browser.sh. Этот open-browser.sh пытается в первую очередь воспользоваться gnome-open (имеется в Gnome >= 2.6), который должен открыть браузер, выбранный в настройках Gnome. Если gnome-open нет, то тогда скрипт пытается непосредственно взять из gconf значение ключа /desktop/gnome/url-handlers/http/command и запустить соответствующую программу.

Если вкратце, то всё.