Чего чего, а хранилища пользовательских сертификатов я не встречал.

Из явы весь SSL и прочие криптофункции используются через библиотеку http://www.bouncycastle.org/
А она написана в лучших традициях корпоротивной явы (т.е. левой задней пяткой). Список доверенных сертификатов ей скармливается на этапе компиляции.

Сопутствующий баг: http://code.google.com/p/android/issues/detail?id=1016

В клиенте k9-mail в начале года начали работать над поддержкой пользовательских сертификатов: http://groups.google.com/group/k-9-mail/browse_thread/thread/2a676995bdd78935