В престижном журнале Diachronica, наконец, вышла статья, которая давно была введена в научный оборот в виде рукописи: François Barbançon, Steven N. Evans, Luay Nakhleh, Don Ringe and Tandy Warnow: An experimental study comparing linguistic phylogenetic reconstruction methods, In: Diachronica 30:2. 2013, pp. 143–170.

В статье моделируются(!) различные лингвистические конфигурации (напр., с большей/меньшей гомоплазией) и тестируется несколько филогенетических методов.

Авторы утверждают, что наиболее адекватный метод: Maximum parsimony; далее в порядке убывания: MCMC, NJ, UPGMA. Т.е. что дискретные (character-based) методы методы лучше дистантных (distance-based).

Неожиданным образом доступен печатный pdf (видимо, скоро прикроют, т.к. Diachronica следит за нарушением копирайта).