Reset матери.. Хм, да никаких подводных камней, возможно, в BIOS придётся поправить пару-тройку несущественных пунктов, скажем, порядок загрузки FDD->CD->HDD->LAN или режимы работы жёсткого диска. Nevermind, смело сбрасывайте.
Очень настойчиво рекомендую сделать полную проверку антивирусной программой AVZ:
http://z-oleg.com/secur/avz/download.phpПосле скачивания/разархивирования/запуска программы
а) сделайте обновление баз (File-Update...)
б) поставьте галку Cure вверху справа.

Для общего обзора имеющихся разделов диска попробуйте утилиту SequoiaView:
http://www.win.tue.nl/sequoiaview/Логично выйти в корень диска и включить подсветку файлов по расширению:

Для примирения с удравшим разделом я бы выбрал
АкронисПишите, разберёмся.. Всё найдётся!